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r - R中每组的平均值减去分组值

问题描述

我试图从每个组的值中减去组均值。

例如：

> x <- data.frame('gene' = c('A','A','A','B','B','C','C','C'),'value' = c(32.3,31,30.5,25,22.1,20.5,21.2,19.8))
> x
  gene value
1    A  32.3
2    A  31.0
3    A  30.5
4    B  25.0
5    B  22.1
6    C  20.5
7    C  21.2
8    C  19.8

我可以找到该组的意思：

> aggregate(x[,2],list(x$gene),mean)
  Group.1        x
1       A 31.26667
2       B 23.55000
3       C 20.50000

如何用相应的组均值减去 x 中的“值”？我的愿望结果如下：

   gene value-group.mean
1    A  1.03333
2    A  -0.26667
3    A  -0.76667
4    B  1.45
5    B  -1.45
6    C  0
7    C  0.7
8    C  -0.7

我怎样才能在 R 中做到这一点？

谢谢。

标签： raggregate

解决方案

您可以使用ave()来实现它base R，在这种情况下，您不需要aggregate中间应用：

x$value_group.mean <- with(x,value-ave(value,gene))

这样

> x
  gene value value_group.mean
1    A  32.3        1.0333333
2    A  31.0       -0.2666667
3    A  30.5       -0.7666667
4    B  25.0        1.4500000
5    B  22.1       -1.4500000
6    C  20.5        0.0000000
7    C  21.2        0.7000000
8    C  19.8       -0.7000000

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