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bash - 在 BASH 的变量中循环由 `*` 定义的文件

问题描述

我希望能够使用一个脚本指定一个包含 fastq 文件的目录，该脚本将遍历所有文件并执行一些操作。这是我的尝试：

threads=24
current_path=`pwd`
input_file=${current_path}/raw/

files=${current_path}/raw/*

for file in ${files}; do 

    output_file=${current_path}/${file}_out/
    mkdir -m gu=wrx,o=rx ${output_file}

    spades.py \
    --s1 ${input_file}${file} \
    -t ${threads} \
    --plasmid \
    --careful \
    -o ${output_file}

done

所以在这个脚本中我得到一个错误：cannot make directory, directory does not exist脚本生成一个/home文件夹。我不知道我是否错误地指定了文件，或者我是否错误地使用了 for 循环。

谢谢！

标签： bashloops

解决方案

您将文件的完整路径与行中的文件夹连接起来

output_file=${current_path}/${file}_out/

它应该是

output_file=${file}_out/

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