r - 如何在大数据上运行层次聚类 hclust？

Question

我想在“大”维度矩阵上运行层次聚类，69878 x 10但无法做到，因为hclust在 R 中运行需要首先计算成对距离，这样做会在这些维度上崩溃：

> str(x)
 num [1:69878, 1:10] 0 0 0 0 0 0 0 9 1 0 ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
  ..$ : NULL
  ..$ : chr [1:10] "0.5" "1" "1.5" "2" ...
> d <- dist(x)  
Error: cannot allocate vector of size 18.2 Gb

有没有办法绕过这个限制？

标签： rbigdatacluster-analysishierarchical-clustering