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r - 如何在 r 中使用 heatmap.2 函数时编辑树状图

问题描述

我正在尝试创建一个heatmap来表示一段时间内基因表达的变化。我使用的代码是这样的：

coul <- colorRampPalette(brewer.pal(8, "Reds"))(25)
heatmap.2(dm, dendogram=c("row"),Colv=NA, xlab="Time points", ylab="Genes of interest", scale="row", col=coul, tracecol = NA)

由于无法真正看到dendogram那口井的分支，我想知道您是否可以以某种方式将其拉伸以变得更加明显？

我还想知道如何删除“颜色键和直方图”标签。非常感谢！

标签： r

解决方案

如果您不介意颜色指南很宽，您只需使用 lwid 选项，您指定一个向量来决定树状图与热图的比率，下面我使用 c(3,3)，表示 1:1。

set.seed(100)
x = matrix(rnorm(1000),100,10)
heatmap.2(x,trace="none",Colv=NA,dendrogram=c("row"),tracecol = NA)

在此处输入图像描述

heatmap.2(x,trace="none",Colv=NA,
dendrogram=c("row"),lwid=c(3,3),tracecol = NA,keysize=0.75)

在此处输入图像描述

缩小颜色指南边距的一种方法是使用 key.par，您可以在其中将右侧的边距设置得更大（我在下面的示例中使用 10）。

heatmap.2(x,trace="none",Colv=NA,dendrogram=c("row"),
lwid=c(3,3),tracecol = NA,keysize=0.75,key.par=list(mar=c(3,3,3,10)))

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