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xml - 有没有办法从 OWL (RDF/XML) 文件中快速访问所有注释和子注释？

问题描述

所以我有一个我在 Protege 中构建的本体，它有注释和子注释。我的意思是，一个概念可能有定义，而该定义可能有注释。

所以你可能有类似（s，p，o）的东西：

'http://purl.fakeiri.org/ONTO/1111' --> 'label' --> 'Term'

'Term' --> 'comment' --> 'Comment about term.'

我正在尝试使用 Flask 应用程序使本体易于探索（我正在使用 Python 来解析本体文件），但我似乎无法快速获取所有注释和子注释。

我开始使用该owlready2包，但它要求您自定义每个单独的注释属性（您不能只获取所有这些属性的列表，因此如果您添加一个属性，例如random_identifier您必须返回代码并添加entity.random_identifier或它不会被接走）。这工作正常，速度非常快，但子注释需要加载 IRI，然后搜索它：

random_prop = IRIS['http://schema.org/fillerName']
sub_annotation = x[entity, random_prop, annotation_label]

这非常慢，加载搜索大约 140 种子注释类型需要 5-10 分钟，而仅注释大约需要 3-5 秒。

从那里我决定报废owlready2并尝试rdflib。但是，看起来子注释只是作为 BNode 附加的，我无法弄清楚如何通过它们的“父”注释访问它们，或者是否有可能。

TL;DR：有人知道如何访问一个条目并在 XML/RDF 本体文件中快速收集其所有注释和子注释吗？

编辑1：

正如所建议的，这里是本体的一个片段：

    <!-- http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610 -->

    <owl:Class rdf:about="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610">
        <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42698"/>
        <obo:IAO_0000115 xml:lang="en">A shortened form of a word or phrase.</obo:IAO_0000115>
        <oboInOwl:hasDbXref rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#anyURI">https://en.wikipedia.org/wiki/Abbreviation</oboInOwl:hasDbXref>
        <rdfs:label xml:lang="en">abbreviation</rdfs:label>
        <schema:alternateName xml:lang="en">abbreviations</schema:alternateName>
        <Property:P1036 rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">411</Property:P1036>
    </owl:Class>
    <owl:Axiom>
        <owl:annotatedSource rdf:resource="http://ncicb.nci.nih.gov/xml/owl/EVS/Thesaurus.owl#C42610"/>
        <owl:annotatedProperty rdf:resource="https://www.wikidata.org/wiki/Property:P1036"/>
        <owl:annotatedTarget rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">411</owl:annotatedTarget>
        <schema:bookEdition rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#integer">20</schema:bookEdition>
    </owl:Axiom>

非常感谢大家！

标签： xmlpython-3.6rdfontologyrdflib

解决方案

从您的问题中，我了解到“子注释”级别只有一个深度。如果是这种情况，您可以按如下方式执行 SPARQL 查询：

SELECT ?annProp ?annValue ?subAnn ?subValue
WHERE { 
   ?annProp a owl:AnnotationProperty .
   <the:concept> ?annProp ?annValue . 
   OPTIONAL { ?annValue ?subAnn ?subValue . }
}

这将检索给定概念的所有注释属性及其值the:concept，并且可选地，如果该注释具有“子注释”，它还检索该子注释。

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