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r - R：在集群上运行 R 时出现内存限制错误

问题描述

我的 R 存在内存问题。我正在对通过我家中的 anaconda 安装在我机构集群上的 R 进行大型而复杂的分析。我创建了我的环境，以便我可以毫无问题地安装软件包。运行时出现以下错误：

   Error: cannot allocate vector of size 26.7 Gb

我通过键入 memory.limit() 检查了内存限制，但它似乎是 Inf。

这是我的 sessionInfo() 的输出

 R version 3.6.1 (2019-07-05)
 Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
 Running under: CentOS Linux 7 (Core)

 Matrix products: default
 BLAS/LAPACK: /home/user/miniconda3/envs/py37/lib/libopenblasp-r0.3.7.so

 locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

 attached base packages:
 [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

 loaded via a namespace (and not attached):
 [1] compiler_3.6.1 tools_3.6.1

在运行负责该问题的工具时，我对具有 24 个内核的单个节点执行 ssh 以允许管道运行。谁能帮我解决这个问题？先感谢您！

标签： r

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