shell - 如何传递此 Shell 脚本的路径？

Question

这个名为的小 Shell 脚本prepareFastaRef.command应该接收我提供的文件名作为参数，根据它生成路径，然后在该文件上运行命令。看起来像：

#!/bin/bash

REF="~/Dropbox/phd/fastarefs/$1"
echo "$REF"

samtools faidx "$REF"

我从命令行运行它：

prepareFastaRef.command test.fa

但它似乎无法找到该文件：

[E::fai_build3_core] 无法打开我的文件 ~/Dropbox/phd/fastarefs/test.fa

这个问题不是特定于程序samtools的，因为我和其他人有同样的问题。我可以 100% 确认文件test.fa在那里。

我感到困惑的是，这个命令本身就可以完美地工作：

samtools faidx ~/Dropbox/phd/fastarefs/off_aa1.fa

因此，我如何从 Shell 脚本中传递路径似乎是一个问题。

我错过了什么？

标签： shellcommand-linecommandcommand-line-arguments