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r - 如何将样本保存在有效的集群中？

问题描述

我的 datExprSTLMS 中有 72 个样本作为基因表达数据集，并根据以下代码在该数据集上运行聚类：

new_hclust = hclust(dist(datExprSTLMS), method = "average")
Cutreecluster_Sample <- cutreeDynamic(dendro = new_hclust, minClusterSize = 5,
                                          method = "tree")

然后我得到如下表格：

table(Cutreecluster_Sample)
Cutreecluster_Sample
 0  1  2  3  4 
 1 24 22 18  7

现在，集群中的样本 0 是异常值，我想将它从我的数据集中删除。所以我运行下面的代码来保留所有样本，除了样本在集群 0 中

keepSamples = (Cutreecluster_Sample==!0)

但是当我为 keepsamples 运行表时，我看到以下结果：

> table(keepSamples)
    keepSamples
    FALSE  TRUE 
     48    24

正如您在中看到的，keepSamples我只有 24 个样本而不是 71 个样本。如果有人在代码级别指导我解决我的问题，我将不胜感激。

标签： rhierarchical-clustering

解决方案

更改keepSamples = (Cutreecluster_Sample==!0)为keepSamples = (Cutreecluster_Sample!=0)

为什么？从右到左评估您的命令：!0是对 的逻辑否定0，相当于!FALSE在 R 中。因此!0等于TRUE。然后检查是否Cutreecluster_Sample等于TRUE。TRUE强制为数字1在 R 中。因此，您的检查实际上是TRUE如果样本在集群 1 中，而不是在集群 0 中。

尝试!0 == 1和FALSE == 0。

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