r - 将 .maf 文件另存为表格
问题描述
我正在尝试将 .maf 文件另存为表格,但我总是收到以下错误:
Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE) :
cannot coerce class ‘structure("MAF", package = "maftools")’ to a data.frame
这是我正在使用的代码:
library(maftools)
laml.maf <- "/Users/PC/mc3.v0.2.8.PUBLIC.maf"
laml = read.maf(maf = laml.maf)
write.table(laml, file="/Users/PC/tp53atm.txt")
我知道 .maf 文件有几个字段,但我不知道如何隔离它们以保存为表格。任何帮助将非常感激!
解决方案
问题是,该write.table
函数不知道如何处理 class 的对象MAF
。
但是,您可以像这样访问基础数据:
write.table(laml@data, file="/Users/PC/tp53atm.txt")
但请注意,这种方式只会导出原始数据,而MAF
对象包含各种其他元数据:
> slotNames(laml)
[1] "data" "variants.per.sample" "variant.type.summary" "variant.classification.summary"
[5] "gene.summary" "summary"
"maf.silent" "clinical.data"
>
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