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python - 即使对于具有二维高斯的大样本量，样本协方差矩阵也与事实相去甚远

问题描述

这是一个非常简单的脚本，可以生成 10000 个点的 2D 高斯分布。np.cov 估计的协方差矩阵似乎与生成的矩阵相去甚远。解释是什么，有解决方案吗？

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

center=[0,0]
npoints=10000
data_covmat = np.array([[1,1],[1,0.5]])
lines=np.random.multivariate_normal(center,data_covmat,npoints)
print(f'2D gaussian centered at {center}, {npoints} points\nCovariance matrix =')
print(data_covmat)
plt.scatter(lines[:,0],lines[:,1],alpha=.1)
plt.axis('scaled')
plt.show()
print(f'Sample covariance matrix =\n{np.cov(lines,rowvar=False)}')

协方差矩阵 =

[[1。1.] [1. 0.5]]

样本协方差矩阵 =

[[1.23880367 0.74585136] [0.74585136 0.85974812]]

标签： pythonnumpystatisticscovariance

解决方案

数组 [[1, 1], [1, 0.5]] 不是半正定的。它的特征值之一是负数。cov文档字符串中对参数的描述multivariate_normal说“分布的协方差矩阵。它必须是对称的和半正定的，才能正确采样。”

试试，比如说，[[1, 0.6], [0.6, 0.5]]，它是对称的和正定的，它按预期工作：

In [37]: npoints = 10000                                                                                     

In [38]: center = [0, 0]                                                                                     

In [39]: data_covmat = np.array([[1, 0.6], [0.6, 0.5]])                                                       

In [40]: np.linalg.eigvals(data_covmat)                                                                      
Out[40]: array([1.4, 0.1])

In [41]: lines = np.random.multivariate_normal(center, data_covmat, npoints)                                 

In [42]: np.cov(lines, rowvar=False)                                                                         
Out[42]: 
array([[0.99782727, 0.60349542],
       [0.60349542, 0.50179535]])

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