bioinformatics - 我不知道如何使用 sdf 文件

我得到了一个可以使用的 sdf 文件。该文件包含具有它们属性的分子，我的任务是找到它们的总数。到目前为止，我只使用过通过 pgadmin 查询的 sql 文件。我必须说，我在谷歌上搜索并不是很有成效，因为我尝试了无法使用的在线转换器，或者博客帖子太旧而无法使用。

所以我的问题主要是，有人如何使用 sdf 文件？可以转换成sql转储文件以便查询吗？还有其他方法吗？

先感谢您！

标签： bioinformaticssdf

如果您正在处理化学结构/生物信息学，那么下面很可能是一个可以帮助您入门的答案。

为了获得更好的帮助，我强烈建议您将问题发布到 Chemistry Stackexchange ( https://chemistry.stackexchange.com/ )。

一个 MOL 文件是一种化学结构。例如苯甲酸及其MOL文件如下。

在此处查看 MOL 文件的解剖结构。如您所见，它是一个纯文本文件。

既然您知道了 MOL 文件，那么 SDF（结构数据文件）只不过是许多连接在一起的 mol 文件。请参阅此处的链接。SDF 文件也是一个纯文本文件。

我认为很难将其与 SQL 对齐，但是一旦您了解 SDF 文件的每一行的含义（并且如果您的 SDF 文件中存在一致的模式），那么您将能够解析它并将其保存在相应的 SQL 列中.

您将整个文件转换为文本并保存，但我想有意义的查询会很困难。所以最好解析一下。

如果您需要更多帮助，请告诉我。