snakemake - 如何在snakemake文件中添加sbatch选项，例如--wait

Question

我不确定在--wait使用 snakemake 时在哪里添加 sbatch 选项。我试图将它添加到snakemake命令本身，但出现以下错误：

Error submitting jobscript (exit code 1):
Submitted batch job 5389577

任何帮助都将不胜感激。

我的snakemake命令如下：

snakemake --latency-wait 60 --rerun-incomplete --keep-going --jobs 99 --cluster-status 'python /home/lamma/faststorage/scripts/slurm-status.py' --cluster 'sbatch  -t {cluster.time} --mem={cluster.mem} --cpus-per-task={cluster.c} --error={cluster.error}  --job-name={cluster.name} --output={cluster.output} --wait' --cluster-config bacterial-hybrid-assembly-config.json --configfile yaml-config-files/test_experiment3.yaml --snakefile bacterial-hybrid-assembly.smk

标签： snakemake

Answer 1

向命令添加--parsable标志sbatch将允许--cluster-status脚本正确解析作业 ID。相关资料：1、2 。

'sbatch  -t {cluster.time} --mem={cluster.mem} --cpus-per-task={cluster.c} --error={cluster.error}  --job-name={cluster.name} --output={cluster.output} --wait --parsable'