r - readr read_fwf 奇怪的解析错误：embedded null

Question

我正在尝试用来readr::read_fwf读入 .txt 文件。我知道所有的列宽，但我收到了这个解析错误，我不知道如何解决：

 fwf_widths <- c(12, 2, 6, ...) 
 fwf_names <- c("V1", "V2", "V3", ...)
 col_types <- c("ccc...")

 df <- read_fwf(file = file, fwf_widths(fwf_widths, fwf_names), 
                         col_types = col_types)
Warning: 1 parsing failure.
row         col expected        actual        file                                                                         

372722 description          embedded null     /path/to/my/file.txt

我试过添加trim_ws = T哪个不能消除错误。我查看了实际内容，df[372722, ]它看起来description包含正确的内容。有人可以帮我解释什么 embedded null意思以及我可以如何处理这个问题吗？

标签： rparsingreadrread.fwf

Answer 1

fwf 中的一个字节是零值字节，这在 R 字符串中是非法的。如果只是将其删除，则会破坏 fwf 中后续条目的对齐方式，因此您需要替换它。默认情况下，以下函数将在任何零字节位置写入一个空格字符。

请在使用之前备份您的 .fwf 文件。

replace_null <- function(path_to_file, file_size = 10000000L, replace_with = ' ')
{
  file_data <- readBin(path_to_file, "raw", file_size)
  file_data[data == as.raw(0)] <- as.raw(as.numeric(charToRaw(replace_with)))
  writeBin(file_data, path_to_file)
}

现在你只需要做

replace_null(file_path)

然后您自己的代码应该可以工作。如果没有，您的 fwf 必须已损坏。