r - “对比只能应用于具有 2 个或更多水平的因素”尽管每个因素都有多个水平

Question

我正在使用以下数据进行双向混合方差分析，使用一个因变量、一个主体间变量和一个主体内变量。当我测试因变量的残差的正态性时，我发现它们不是正态分布的。但此时我能够执行双向方差分析。但是，当我执行 log10 转换并使用 log 转换变量再次运行脚本时，我收到错误“对比度只能应用于具有 2 个或更多级别的因子”。

> str(m_runjumpFREQ)
'data.frame':   564 obs. of  8 variables:
 $ ID1            : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
 $ ID             : chr  "ID1" "ID2" "ID3" "ID4" ...
 $ Group          : Factor w/ 2 levels "II","Non-II": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ Pos            : Factor w/ 3 levels "center","forward",..: 2 1 2 3 2 2 1 3 2 2 ...
 $ Match_outcome  : Factor w/ 2 levels "W","L": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 ...
 $ time           : Factor w/ 8 levels "runjump_nADJmin_q1",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
 $ runjump        : num  0.0561 0.0858 0.0663 0.0425 0.0513 ...
 $ log_runjumpFREQ: num  -1.25 -1.07 -1.18 -1.37 -1.29 ...

StackOverflow 上对此错误的一些答案提到，用于 ANOVA 的数据集中的一个或多个因子少于两个级别。但如上所示，它们不是。我读过的另一种解释是，这可能是缺失值的问题，其中可能存在 NA。有：

 m1_nasum <- sum(is.na(m_runjumpFREQ$log_runjumpFREQ))
> m1_nasum
[1] 88

但是，即使在删除包括 NA 的行后，我也会得到相同的错误，如下所示。

> m_runjumpFREQ <- na.omit(m_runjumpFREQ)
> m1_nasum <- sum(is.na(m_runjumpFREQ$log_runjumpFREQ))
> m1_nasum
[1] 0

我可以在没有日志转换的情况下运行相同的脚本，并且它可以工作，但是有了它，我得到了同样的错误。无论哪种方式，因素都是相同的，缺失值不会产生影响。要么我犯了一个严重的错误，要么问题出在下面的日志转换行中。

log_runjumpFREQ <- log10(m_runjumpFREQ$runjump)
m_runjumpFREQ <- cbind(m_runjumpFREQ, log_runjumpFREQ)

我很感激帮助。

标签： rnormal-distributionanova

Answer 1

因子有 2 个水平是不够的。此外，这些级别必须实际存在。例如，下面f有 2 个级别，但实际上只有 1 个存在。

y <- (1:6)^2
x <- 1:6

f <- factor(rep(1, 6), levels = 1:2) 
nlevels(f)  # f has 2 levels
## [1] 2

lm(y ~ x + f)
## Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 
##   contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels