rna-seq - 尝试将参考基因组与 STAR 对齐
问题描述
我正在尝试在 STAR 2.7.3a 上设置参考基因组,以便将 RNA-Seq 中的读数映射到它。
这是我使用的代码:
STAR --runThreadN 4--runMode genomeGenerate--genomeDir /media/bigData/Valentin/Software/referenceGenomeforSTAR--genomeDir /media/bigData/Valentin/ReferenceGenome--genomeFastaFiles /media/bigData/Valentin/ReferenceGenome/Homo_sapiens.GRCh38.ncrna.fa /media/bigData/Valentin/ReferenceGenome/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa--sjdbGTFfile /media/bigData/Valentin/ReferenceGenome--sjbdOverhang 100
由于致命输入而退出
错误:无法打开 readFilesIn=Read1
Jan 24 15:44:39 ...... 致命错误,退出
有谁知道 readFilesIn=Read1 是什么意思?
谢谢
解决方案
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