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python - 如何在 Python 的文本文件中找到某个字符串的行号？

问题描述

我编写了一个 Python 脚本，它打开一个托管质谱数据的 csv 文件列表，使用 Numpy.genfromtxt 收集数据，使用 statsmodels 根据这些数据进行计算，并将结果返回到编译后的 excel 文件中。在 CSV 文件中，标题和内部结构的大小可能会根据实验的运行条件而变化。

现在我使用我用 configparser 读取的配置文件，并且针对不同的实验条件使用不同的配置文件。然而，这很笨拙。

我想要做的是测量标头大小和数据帧的长度，而不是从配置文件中读取它。每个同位素的数据都以字符串开头，例如：

*#ISOTOPE, 'Ar36:L2S1'* and *#ISOTOPE, 'Ar37:L1S1'*

后面是每个同位素的数据（3 列），例如：

*#ISOTOPE, 'Ar36:L2S1'*

No, Time, Intensity

1, 101.4685919, 1.845379369941e-003

2, 102.4901003, 2.153738546096e-003

.....

599, 701.1342959, 2.087938052439e-003

600, 702.1343039, 2.000204060898e-003

(blank line)

*#ISOTOPE, 'Ar37:L1S1'*

No, Time, Intensity

1, 101.4685919, -1.103785922163e-004

2, 102.4901003, 3.526673114000e-004

等等

我想确定每个同位素的数据行号和数据长度。

然后，当我尝试导入整个数据文件而不忽略标题（计算行索引）时，我得到与列数相关的错误。我尝试 usecols = 1 忽略其余部分，但这不起作用。（valueerror）

我认为有一个简单的解决方案，但到目前为止我的编程技能不是很好。

任何人都可以帮忙吗？

干杯

标签： python

解决方案

尚不完全清楚，但我的理解是您在单个文件中有一堆 CSV-ish 数据集，每个文件都有一个标题行（以 开头*#ISOTOPE）和一个空白的“页脚”行？

根据大小，一个选项可能是以基本方式打开文件（使用open内置），然后循环：

  • 处理魔术头（读取一行并解析）
  • 将所有内容复制到临时文件或 StringIO 直到第一个空行
  • 将 tempfile 或 StringIO 解析为 CSV，照常处理

重复直到文件结束。

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