r - 访问目录中的所有文件并使用 r studio 执行 rscript

Question

我在一个文件夹中有一组文件，如下所示：

nlb_1.pdb
nlb_2.pdb
nlb1_1.pdb
nlb1_2.pdb

如何访问 rscript 文件夹中的所有文件并为每个文件执行以下命令：

library(bio3d)
nlb_1 <- read.pdb('nlb_1.pdb',multi = TRUE)
ca.inds_nlb_1 <- atom.select(nlb_1,elety = 'CA')

标签： rrstudiolapply

Answer 1

只需使用 list.files 命令。

files=list.files(desired_folder,full=TRUE,pattern='pdb$')

library(bio3d)
processed_files=lapply(files,function(x){
       temp=read.pdb(x,multi=TRUE)
       atom.select(temp,elety='CA')
})

列表中的元素将是文件处理的结果。