python - 如何绘制图中所示的图形？

Question

我正在对图形数据库进行一些研究。我的兴趣是在称为“致突变性”的传记数据库中找到两个相似的分子。这个图形数据库非常常见，包含 4337 个模拟化学分子的图形。这些图是无向的和属性的（顶点和边）。为了减少要进行的图比较的数量，选择了很少的样本图并将其分组为 8 个子集（Abu-Aisheh 等人，2015a）。 当我得到它们的图形 ID 时，我想绘制这两个图形。我怎样才能做到这一点？图形文件如下所示。

图数据库中的图

标签： pythonsimilarity

Answer 1

尝试使用这个：

import os
import sys
import fnss
import networkx as nx
import fnss
import cvxopt
import numpy as np
import codecs
import random
import matplotlib.pyplot as plt
file = 'path_to_file.xml'
topology = fnss.read_topology(file)
topology_directed = topology.to_directed(topology)
print(nx.info(topology_directed))
nx.draw(topology_directed)
plt.show()