时间戳

首页 > 解决方案 > 多序列比对 R

r - 多序列比对 R

问题描述

这里的第一个问题！

我一般是 R 和序列比对的新手。

我正在尝试使用 MSA（多序列比对）包对 R（R'studio）进行多序列比对。我使用 seqinr 包将我的 fasta 文件上传到 R 中。它只包含两个大小大致相同的序列——一个模板和一个查询。但是，我遇到了用户手册未描述的错误。

这是我在终端中输入的

> query<-"file name"$"sequence within the file"

> template<-"file name"$"sequence within the file"

> msaClustalOmega(query,template)

这就是结果

“checkInputSeq(inputSeqs) 中的错误：参数 inputSeq 无效！可能的输入是 <character>、<XStringSet> 或文件。”

文件中的文件名和序列确实“弹出”作为选择选项，因此 R 识别它们存在。我不确定发生了什么，而且它还处于 MSA 流程的早期阶段。

任何帮助都会很棒，谢谢！

标签： ralignmentsequence

解决方案

据我了解，您正在使用一种需要 Biostring 的算法，以便它知道您正在处理核苷酸数据或氨基酸数据。如果距离的算法是由例如完成的，你正在给它喂 ascii 字符。Hamming distance. 核苷酸替换矩阵是特定的，以及为什么允许使用特定类型的字符。

你需要图书馆Biostrings和msa. 这是一个最小的工作示例，灵感来自我认为您正在尝试的内容（无法判断您的文件是什么样的）：

library("Biostrings")
library("msa")
dnaSet = DNAStringSet(c("AACCTT","CCGGTTTT","AAAGGGTTT"))
res = msa(dnaSet,method="ClustalOmega")
print(res)

您看到提到的错误< XStringSet >是因为它需要它的一种类型，它DNAStringSet是它的子类，并且想要它或另一个子类的对象，例如 DNAString。这就是为什么当它运行该函数checkInputSeq(inputSeqs)时会产生错误，导致类型检查失败。

推荐阅读