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nested - Snakemake级联检查点不起作用

问题描述

我有以下情况

  1. 检查点A在文件夹中创建文件（1 或 2）A_Out
  2. 检查点B将所有文件A_Out作为输入并生成文件（1 或 2）B_Out
  3. 我有条件规则C，它可以从 A 或 B 获取输入并产生最终输出

我正在使用以下代码，

checkpoint A:
   output: directory("A_Out")
   # Rest of the logic

def collect_a(wildcards):
   path = checkpoints.A.get(**wildcards).output[0]
   return expand("{path}/{file}.txt",
                  path=path,
                  file=glob_wildcards(os.path.join(path, "{name}.txt")).name)

checkpoint B:
   input: collect_a
   output: directory("B_Out")
   # Rest of the logic

def collect_b(wildcards):
   path = checkpoints.B.get(**wildcards).output[0]
   return expand("{path}/{file}.txt",
                  path=path,
                  file=glob_wildcards(os.path.join(path, "{name}.txt")).name)

def conditional_input(wildcards):
   if condition_A:
      return collect_a(wildcards)
   else:
      return collect_b(wildcards)

rule c:
   input: conditional_input
   # Rest of the logic

在上述情况下，当 condition_a 为 时False，它只评估检查点 B，不评估检查点 A。我该如何解决这个问题？还是有其他优雅的方式？

标签： nestedsnakemake

解决方案

这些级联检查点调用非常有问题，并且有几个与之相关的问题。如果您进一步充实您的示例，您可以向 github 提交问题，假设您拥有最新版本的蛇形。

作为一种解决方法，您可以尝试在每个目录中添加一个临时信号文件以指示规则已完成。然后，您需要在规则代码中使用 glob 通配符。

不是很好，但可以工作。因为您有一个临时输入作为信号，所以即使其他文件已经存在，规则也会每次重新运行；snakemake 不知道它们是输出。另一种选择是事先检查您的输入，以确定是否会生成一个或两个文件，并将其绑定到您的输入函数逻辑中，绕过检查点。

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