snakemake - 规则之间的snakemake通配符范围

Question

我已经阅读了有关规则的文档、常见问题解答和这个问题，但我仍然无法确定：如果通配符foo在规则中定义bar，它的值可以在规则中访问baz吗？

标签： snakemake

Answer 1

我不确定我是否在回答您的问题，以下内容可能并不完全正确... Snakemake 只关心您是否有一个且只有一个路径可以通向所请求的文件（即第一条规则中定义的文件，通常称为all)。

如果规则栏定义了可以导致最终输出的通配符，那么是的，这些通配符对以下规则是可见的。

在下面的脚本中，我们要求提供文件A.txt和B.txt. 要生成 A.txt，我们不需要任何通配符。要生成 B.txt，我们需要通过{wc}在规则栏中定义并在规则中使用的通配符B。请注意，通配符{sample}根本不会出现在 rule 之外all。另请注意，规则bar生成两个文件，B.tmp 和 C.tmp，但规则B只需要B.tmp. （您应该能够使用 干运行此脚本snakemake -p -n）

rule all:
    input:
        expand('{sample}.txt', sample= ['A', 'B']),

rule A:
    output:
        'A.txt',
    shell:
         "touch {output}"

rule bar:
    output:
        expand('{wc}.tmp', wc= ['B', 'C'])
    shell:
        r"""
        touch {output}
        """

rule B:
    input:
        '{wc}.tmp',
    output:
        '{wc}.txt',
    shell:
        r"""
        touch {input} {output}
        """