r - 将 for 循环生成的多个 ggplots 放入一个图像中
问题描述
第一次问问题,所以如果我错过了任何重要的细节,请提前道歉。我还是 R 的新手,但随着我了解更多,我会尝试为自己做出贡献。与此同时,希望有人可以提供帮助。
我有一个 for 循环,可以从我的数据中生成多个图。情节本身是完美的,但是,我正在努力将情节 1 到 4 添加到单个图像中。
如果我正在使用,plot()
我可以使用par(mfrow - c(1,2,3,4)
,但是当我向每个绘图添加多个数据帧时,即geom_point()
在 ggplot 中添加多个数据帧时,我认为我无法做到这一点。
我的数据看起来像这样,但要长得多,N01、N02 等线的多个数据点,为此我正在生成一个新图,其中包含来自 N01、N02 等的数据,重叠了 WT1 和 WT2 点。
我想我可能需要将循环的每次迭代保存到新变量中,然后multiplot()
用来获得我想要的结果。
如果我想出答案,我会发布,但如果有人打败我,提前谢谢你。
N01 N01.01 0.0 7693
2 N01 N01.02 2.0 3404
3 N01 N01.03 2.0 3404
4 N01 N01.04 1.0 6395
5 N01 N01.05 1.0 5171
6 N01 N01.06 2.0 6001
7 N01 N01.07 1.0 6671
8 N01 N01.08 1.5 6700
9 N01 N01.09 1.0 9060
10 N04 N04.01 2.0 6857
11 N04 N04.02 4.0 10378
setwd ("C:/Users/HP/Desktop/Studio R/Patty")
df <- read.csv("Data/Raw V2.csv")
#need to create a new data frame with a new coluum taking information from another column
df2 <- split(df, df$ï..ID)
x1 <- df2$WT1[,3:4] #new var for the wild type that wants plotting on all the charts
x2 <- df2$WT6[,3:4]
plot_list <- list() #creates an empty list to save the plots in
for (i in 1:length(df2)){
z1 <- df2[[i]][,3:4]#new var from the data fram i amount of times using data from column 3 to 4
title <- (df2[[i]][,1][1]) #used later on to add the title variable in the legend
par(mar=c(4,4,1,1), mfrow=c(2,2))
f <-
ggplot(data=z1, aes(x=copies, y=leaf_area)) +
geom_point(aes(col="black"))+ #creates the plots of i
geom_point(data=x1, aes(col="blue"))+ #adds the wt to all plots, aes neeeded to create legend
geom_point(data=x2, aes(col="red"))+
theme(panel.background = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"),
panel.grid.minor = element_line())+
scale_color_identity(name = "", breaks = c("black", "blue", "red"), labels = c(paste0("(",title,")"),("(WT1)"),("(WT6)")), guide = "legend")+
theme(legend.position = c(0.95, 0.95), legend.justification = c("right", "top"), legend.direction = "horizontal")+
scale_x_continuous(limits = c(0, 4)) + #standarsises the axis
scale_y_continuous(limits = c(0, 12000)) +
xlab(bquote("Number of Inserts"))+
ylab(bquote("Leaf Area (mm'^2')"))+
ggtitle(df2[[i]][,1][1])
plot_list[[i]] <- f
list2env(plot_list[[i]], envir = globalenv()) #send the list to the global environment
}
在理想的世界中,这会起作用:
for (i in plot_list){
par(mfrow = c(2,2))
plot(i)
}
解决方案
您试图使用par(mfrow=...)
,这仅适用于基本 R 图。对于ggplot
,如果你喜欢类似的东西,也许使用 gridExtra 因为你已经有一个情节列表。您可以在下面看到一个示例iris
同样作为评论,很可能您不需要使用list2env
,因为您已经分配了它
library(ggplot2)
library(gridExtra)
plot_list <- list()
df <- split(iris,iris$Species)
for(i in seq_along(df)){
plot_list[[i]] <- ggplot(df[[i]],aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+
geom_point()+
ggtitle(names(df)[i])
}
grid.arrange(grobs=plot_list,ncol=2)
我看到有一个你总是想比较的参考。我将模拟一些看起来像你的数据的东西:
set.seed(100)
WT1 <- data.frame(Sepal.Length=seq(4,6.5,length.out=50),
Sepal.Width=seq(1.5,3,length.out=50)+rnorm(50,0.5,0.2),Species="WT1")
WT2 <- data.frame(Sepal.Length=seq(6,8,length.out=50),
Sepal.Width=seq(2,4.5,length.out=50)+rnorm(50,0.5,0.2),Species="WT2")
df <- rbind(iris[,c("Sepal.Length","Sepal.Width","Species")],WT1,WT2)
colnames(df)[3] <- "ID"
现在我们绘制:
# separate the two datasets you want:
obs <- droplevels(subset(df,!ID %in% c("WT1","WT2")))
ref <- droplevels(subset(df,ID %in% c("WT1","WT2")))
plot_list <- list()
for(i in unique(obs$ID)){
thisDF <- rbind(subset(obs,ID==i),ref)
g <- ggplot(thisDF,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width,col=ID))+
geom_point() + theme(legend.position = c(0.9,0.9),
legend.justification = c("right", "top"),
legend.direction = "horizontal")+ggtitle(i)
plot_list[[i]] <- g
}
grid.arrange(grobs=plot_list,ncol=2)
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