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c++ - 使用 g++ 编译 hdf5 源代码

问题描述

我应该先说我不太熟悉用 C++ 编译包含标准库之外的库的程序。在过去的几年里，我几乎只使用 python。

根据我的经验，h5py 有点慢，因为 python 在 I/O 方面有点慢。所以我想学习如何用 c++ 重写我所有的 hdf5 python 代码以加快速度。

我的第一次尝试只是编译在这里找到的代码https://support.hdfgroup.org/HDF5/doc/cpplus_RM/create_8cpp-example.html。

我的编译命令是

$> g++ -L /path/to/lib -lhdf5_cpp -lhdf5 -I /path/to/include create.cpp -o create

但是我只是收到一堵带有错误消息的文字墙，例如

undefined reference to `H5::Exception::dontPrint()
...
/usr/bin/ld: create.cpp:(.text+0x28b): undefined reference to `H5::H5File::~H5File()

如果你们愿意，我可以发送一堵文字墙以提供更多信息。如果这是足够的信息，你们对我应该如何编译程序有什么建议吗？

标签： c++g++hdf5

解决方案

首先，我会尝试使用它自己的编译器进行编译。我稍微改变了你的代码。

--> 创建.cpp

#include <iostream>
#include <string>
#include "H5Cpp.h"
using namespace H5;

const H5std_string  FILE_NAME( "SDS.h5" );
const H5std_string  DATASET_NAME( "IntArray" );
const int NX = 5; // dataset dimensions
const int NY = 6;
const int RANK = 2;
int main (void)
{
   /*
    * Data initialization.
    */
   int i, j;
   int data[NX][NY];          // buffer for data to write
   for (j = 0; j < NX; j++)
   {
      for (i = 0; i < NY; i++)
     data[j][i] = i + j;
   }
   /*
    * 0 1 2 3 4 5
    * 1 2 3 4 5 6
    * 2 3 4 5 6 7
    * 3 4 5 6 7 8
    * 4 5 6 7 8 9
    */
   // Try block to detect exceptions raised by any of the calls inside it
   try
   {
      /*
       * Turn off the auto-printing when failure occurs so that we can
       * handle the errors appropriately
       */
      Exception::dontPrint();
      /*
       * Create a new file using H5F_ACC_TRUNC access,
       * default file creation properties, and default file
       * access properties.
       */
      H5File file( FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC );
      /*
       * Define the size of the array and create the data space for fixed
       * size dataset.
       */
      hsize_t dims[2];              // dataset dimensions
      dims[0] = NX;
      dims[1] = NY;
      DataSpace dataspace( RANK, dims );
      /*
       * Define datatype for the data in the file.
       * We will store little endian INT numbers.
       */
      IntType datatype( PredType::NATIVE_INT );
      datatype.setOrder( H5T_ORDER_LE );
      /*
       * Create a new dataset within the file using defined dataspace and
       * datatype and default dataset creation properties.
       */
      DataSet dataset = file.createDataSet( DATASET_NAME, datatype, dataspace );
      /*
       * Write the data to the dataset using default memory space, file
       * space, and transfer properties.
       */
      dataset.write( data, PredType::NATIVE_INT );
   }  // end of try block
   // catch failure caused by the H5File operations
   catch( FileIException error )
   {
      error.printErrorStack();
      return -1;
   }
   // catch failure caused by the DataSet operations
   catch( DataSetIException error )
   {
      error.printErrorStack();
      return -1;
   }
   // catch failure caused by the DataSpace operations
   catch( DataSpaceIException error )
   {
      error.printErrorStack();
      return -1;
   }
   // catch failure caused by the DataSpace operations
   catch( DataTypeIException error )
   {
      error.printErrorStack();
      return -1;
   }
   return 0;  // successfully terminated
}

就我而言，它在这里：

/usr/local/opt/hdf5@1.10/bin/h5c++  create.cpp -o create

执行后./create，生成文件SDS.h5。

该文件包含：

In [1]: import h5py; f = h5py.File("SDS.h5")

In [2]: list(f["IntArray"])
Out[2]:
[array([0, 1, 2, 3, 4, 5], dtype=int32),
 array([1, 2, 3, 4, 5, 6], dtype=int32),
 array([2, 3, 4, 5, 6, 7], dtype=int32),
 array([3, 4, 5, 6, 7, 8], dtype=int32),
 array([4, 5, 6, 7, 8, 9], dtype=int32)]

之后，您可以尝试找出问题所在。首先，在我看来，应该是您对 HDF5 的配置。

h5c++ -showconfig

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