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snakemake - 在snakemake中组合shell命令行

问题描述

我想将两个命令行组合为一个，以避免中间文件。

workdir: "/path/to/workdir/"

rule all:
    input: 
        "my.filtered.vcf.gz"

rule bedtools:
    input:
        invcf="/path/to/my.vcf.gz",
        bedgz="/path/to/my.bed.gz"
    output:
        outvcf="my.filtered.vcf.gz"
    shell:
        "/Tools/bedtools2/bin/bedtools intersect -a {input.invcf} -b {input.bedgz} -header -wa |"
        "/Tools/bcftools/bcftools annotate -c CHROM,FROM,TO,GENE -h <(echo '##INFO=<ID=GENE,Number=1,Type=String,Description="Gene name">') > {output.outvcf}"

我收到无效的语法错误。如果您能解释如何在snakemake 中组合多个shell 行，我将不胜感激。

标签： snakemakebcftools

解决方案

"由于您在此处的 shell 中使用了 ，您可能会得到一个无效的语法： Description="Gene name">. 这会关闭你的外壳。您可以转义这些引号或使用以下"""语法：

rule bedtools:
    input:
        invcf="/path/to/my.vcf.gz",
        bedgz="/path/to/my.bed.gz"
    output:
        outvcf="my.filtered.vcf.gz"
    shell:
        "/Tools/bedtools2/bin/bedtools intersect -a {input.invcf} -b {input.bedgz} -header -wa |"
        "/Tools/bcftools/bcftools annotate -c CHROM,FROM,TO,GENE -h <(echo '##INFO=<ID=GENE,Number=1,Type=String,Description=\"Gene name\">') > {output.outvcf}"

或者

rule bedtools:
    input:
        invcf="/path/to/my.vcf.gz",
        bedgz="/path/to/my.bed.gz"
    output:
        outvcf="my.filtered.vcf.gz"
    shell:
        """
        /Tools/bedtools2/bin/bedtools intersect -a {input.invcf} -b {input.bedgz} -header -wa | /Tools/bcftools/bcftools annotate -c CHROM,FROM,TO,GENE -h <(echo '##INFO=<ID=GENE,Number=1,Type=String,Description="Gene name">') > {output.outvcf}
        """

请注意，您可以将多行与""". 没有管道的例子：

shell:
    """
    bedtools .... {input} > tempFile 
    bcftools .... tempFile > tempFile2
    whatever .... tempFile2 > {output}
    """

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