snakemake - 如何在 Snakefile 本身中提供 snakemake 选项？

Question

我想在蛇文件（即snakemake脚本）中指定奇点绑定路径，而不是通过命令行。我相信这可以通过他们的 api byfrom snakemake import something等以某种方式完成。我该如何实现这一目标？

从广义上讲，我们如何通过 Snakefile 中的 api 向 snakemake 提供选项/参数？

标签： snakemake

Answer 1

我制作了一个可以做几件事的管道，其中之一就是下载示例。同时启动30个下载是浪费资源所以我想限制并行下载的数量，我不想总是传递--resources parallel_resources=1给命令。我注意到执行 Snakefile 时存在snakemake.workflow，在这里我将其添加为资源：

workflow.global_resources.update({'parallel_downloads': 1})

我对奇点没有经验，所以我不完全明白你想要什么。但我的猜测是，这是存储在工作流程中的某个位置，您可以在那里更改它。

ps这根本不是通过API，或者保证在版本之间工作