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r - 为什么/如何一些包在无名环境中定义它们的功能？

问题描述

在我的代码中，我需要检查函数是从哪个包定义的（在我的情况下是exprs()：我需要它，Biobase但结果被 覆盖rlang）。
从这个 SO question，我想我可以简单地使用environmentName(environment(functionname))。但是对于exprs从Biobase该表达式返回的空字符串：

environmentName(environment(exprs))
# [1] ""

检查结构后，environment(exprs)我注意到它的.Generic成员包含包名称作为属性：

environment(exprs)$.Generic
# [1] "exprs"
# attr(,"package")
# [1] "Biobase"

所以，现在我做了这个辅助函数：

pkgparent <- function(functionObj) {
  functionEnv <- environment(functionObj)
  envName <- environmentName(functionEnv)
  if (envName!="") 
    return(envName) else
      return(attr(functionEnv$.Generic,'package'))
}

它完成这项工作并正确返回函数的包名称（如果已加载），例如：

pkgparent(exprs)
# Error in environment(functionObj) : object 'exprs' not found

library(Biobase)

pkgparent(exprs)
# [1] "Biobase"

library(rlang)
# The following object is masked from ‘package:Biobase’:
#   exprs

pkgparent(exprs)
# [1] "rlang"

但我仍然想了解，对于某些包，它们的功能是在“未命名”环境中定义的，而其他包看起来像<environment: namespace:packagename>.

标签： r

解决方案

您在这里看到的是 S4 方法分派工作原理的一部分。实际上，.Generic是 R 方法分派机制的一部分。

顺便说一句，rlang 包是一个红鲱鱼：这个问题出现纯粹是由于 Biobase 使用 S4。

但更一般地说，您的解析策略在其他情况下可能会失败，因为还有其他原因（尽管很少）为什么包可能会在单独的环境中定义函数。这样做的原因通常是在某个变量上定义一个闭包。

例如，通常不可能在命名空间级别修改包内定义的变量，因为命名空间在加载时会被锁定。有多种方法可以解决此问题。如果一个包需要一个有状态的函数，一个简单的方法是在一个环境中定义这个函数。例如，您可以定义一个counter在每次调用时增加其计数的函数，如下所示：

counter = local({
    current = 0L

    function () {
        current <<- current + 1L
        current
    }
})

local定义包装函数的环境。

为了应对这种情况，您应该做的是遍历父环境，直到找到命名空间环境。但是有一个更简单的解决方案，因为 R 已经提供了一个函数来为给定环境查找命名空间环境（通过执行所述迭代）：

pkgparent = function (fun) {
    nsenv = topenv(environment(fun))
    environmentName(nsenv)
}

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