r - 中值和箱线图 (R)

Question

我写信给你的论坛是因为我没有找到解决我的问题的方法。我试图以图形方式表示我们（我和我的团队）收集的蚊子的中位捕捉时间（MCT）（我目前正在实习以研究科特迪瓦的疟疾）。MCT 代表 50% 的总疟疾病媒在人类身上捕获的时间。例如，我们收集了这个样本：

Hour of collection / Mosquitoes number:
20H-21H = 1
21H-22H = 1 
22H-23H = 2 
23H-00H = 2 
00H-01H = 13 
01H-02H = 10 
02H-03H = 15 
03H-04H = 15 
04H-05H = 8 
05H-06H = 10 
06H-07H = 6 

此处有效累积为 83 只蚊子。而且我假设这个蚊子系列的中位数是 83+1/2 = 42（我什至在 R 上都找不到这个数字），从而在凌晨 2 点（02）诱导中位数捕捉时间。

因此，我尝试使用具有不同参数的函数“boxplot”，但我无法拥有我想要表示的内容。事实上，当我想要收集时间累积的有效表示时，我每个小时的收集都有盒子。R中使用的时间是“20H-21H”= 20，“21H-22H”= 21等。

我找到了一篇文章 (Nicolas Moiroux, 2012)，其中介绍了中值捕捉时间和我想要的箱线图。我复制了引用的箱线图的图像： Boxplot_Moiroux2012

提前感谢您的帮助，希望我的语法没问题（我说和写主要是法语，我的母语）。

亲切的问候，爱德华

PS：关于我在这组数据中使用的代码，我在这里（“Eff”=蚊子数量，“Heure”=收集时间）：

总和（Eff）

as.factor(Heure)

tapply(Eff,Heure,median) tapply(Heure,Eff,median)

箱线图（Eff，水平=T）

箱线图(Heure~Eff) 箱线图(Eff~Heur))

（我的R技能不是很犀利……）

标签： rboxplotmedian

Answer 1

您需要使用技巧，因为您已经有了计数，而不是每次捕获的时间数据。

首先，将时间值转换为更连续的变量，然后生成包含所有时间值的向量，然后生成箱线图（使用自定义轴）。

txt <- "20H-21H = 1
21H-22H = 1
22H-23H = 2
23H-00H = 2
00H-01H = 13
01H-02H = 10
02H-03H = 15
03H-04H = 15
04H-05H = 8
05H-06H = 10
06H-07H = 6"

dat <- read.table(text = txt, sep = "=",  h = F)
colnames(dat) <- c("collect_time", "nb_mosquito")

# make a continuous numerical proxy for time
dat$collect_time_num <- 1:nrow(dat)

# get values of proxy according to your data
tvals <- rep(dat$collect_time_num, dat$nb_mosquito)

# plot
boxplot(tvals, horizontal = T, xaxt = "n")
axis(1, labels = as.character(dat$collect_time), at = dat$collect_time_num)

输出以下图：