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r - 使用 R Markdown 和 TinyTex 添加新的书目样式

问题描述

我正在使用 R Markdown 和 TinyTex 写一篇论文，使用 Biblatex 作为参考。它适用于默认引用样式，但我需要为我正在撰写的期刊添加自定义书目和引文样式。

我需要遵循语言学的统一样式表，在这里Github 上有一个 Biblatex 实现，其中包含一个 .bbx 和 .cbx 文件。

我尝试将这些 .bbx 和 .cbx 文件添加到我的本地 TinyTex 副本中，在Library/TinyTex/texmf-local/tex/latex/biblatex. 我的 YAML 标头包括：

output: 
  pdf_document:
    citation_package: biblatex
biblatexoptions: [bibstyle=biblatex-sp-unified, citestyle=sp-authoryear-comp]

当我编织文档时，出现以下错误：

tlmgr search --file --global '/biblatex-dm.cfg'
! Package keyval Error: bibstyle undefined.

我没有biblatex-dm.cfg文件（我也不明白那会是什么）。根据风格的 Github 存储库中的常规安装说明，我认为 .bbx 和 .cbx 文件就足够了。

我应该将 .bbx 和 .cbx 文件放在哪里，以便 tlmgr 可以找到它们？和/或我需要采取哪些额外步骤才能在我的论文中使用这种风格？

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更新：问题似乎来自 R Markdown 使用的 Pandoc LaTeX 模板。

撇开 R Markdown 不谈，我创建了一个较小的最小 LaTeX 示例：

main.tex 在哪里：

\documentclass{article}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[bibstyle=biblatex-sp-unified,citestyle=sp-authoryear-comp]{biblatex}

\addbibresource{references.bib}

\begin{document}

Something something \citep{darwin_origin_1859}.

\printbibliography

\end{document}

而references.bib是：

@book{darwin_origin_1859,
    location = {London},
    title = {On the Origin of Species by Means of Natural Selection},
    publisher = {J. Murray},
    author = {Darwin, Charles},
    date = {1859}
}

pdflatex我使用命令序列, biber, pdflatex,成功编译了这个示例pdflatex。因此，我的本地 TeX 安装似乎知道我添加的biblatex-sp-unified.bbx和sp-authoryear-comp.cbx文件，并且可以很好地使用它们。

随后，我使用 YAML 标头创建了一个等效的最小 R Markdown 文档：

title: "Untitled"
output:
  pdf_document:
    citation_package: biblatex
bibliography: references.bib
biblatexoptions: [bibstyle=biblatex-sp-unified, citestyle=sp-authoryear-comp]

与身体：

Something something [@darwin_origin_1859].

这一次，我收到了与之前相同的旧错误消息：

tlmgr search --file --global '/biblatex-dm.cfg'
! Package keyval Error: bibstyle undefined.

这似乎表明问题是由 Pandoc 的 LaTeX 模板中的某些内容引起的，但我不知道是什么。

只是为了确认它绝对是 Pandoc 模板，而不是我自己的安装/设置，我使用了在上面编写最小 R Markdown 示例时生成的 .tex 文件，并尝试在 Overleaf 中编译它（添加了biblatex-sp-unified.bbx和sp-authoryear-comp.cbx文件）。我重现了同样的错误。

虽然我认为我已经本地化了问题，但我仍然非常想了解 Pandoc 模板中的问题和位置。我也很想知道是否有人有任何修复（除了使用不同的模板或编写我自己的模板）。

标签： rlatexr-markdownbiblatextinytex

解决方案

更新：这似乎是使用过时版本的 R Markdown 和/或 Pandoc 的问题。

我正在使用rmarkdown包 v.1。在撰写本文时，最新版本是 2.1。

我更新了我的所有软件包并更新了 Rstudio（目前与 Pandoc v2.3.1 一起提供）并且不再遇到问题。我还升级了 R（从 3.5.something 到 3.6.2）并在我使用它时重新安装了 tinytex，但我不确定这些东西是否对这个特定问题有影响。

现在，当我放入biblatexoptions: [bibstyle=biblatex-sp-unified, citestyle=sp-authoryear-comp]YAML 标头时，它已正确转换为 LaTeX 命令\usepackage[bibstyle=biblatex-sp-unified,citestyle=sp-authoryear-comp]{biblatex}，而不是\ExecuteBibliographyOptions如下所述的命令。

Ralf Stubner 最初建议我在评论中检查我的 R Markdown/Pandoc 版本。如果您的评论也有用，请给他的评论点赞。

问题回顾：

我正在用 R Markdown 编写文档，并且我有一种特殊的引用样式，我想将其与 biblatex 一起使用。我有一个定义样式.bbx的.cbx文件，可以在 Github 上找到（上面链接）。问题是文档无法编译，说 biblio/citation 样式未定义（即使样式文件位于项目文件夹本身中）。

我发现问题是由我将选项传递给 biblatex 的方式引起的。在我的 YAML 标头中，该行：

biblatexoptions: [bibstyle=biblatex-sp-unified, citestyle=sp-authoryear-comp]

被转换为乳胶命令：

\ExecuteBibliographyOptions{bibstyle=biblatex-sp-unified,citestyle=sp-authoryear-comp}

我不知道为什么，但是当包含这个命令时，它会产生我观察到的错误。

安装新的 Biblatex 样式：

我发现 TeX在我的目录中时不知道.bbxand文件（这是我希望根据 Github 安装说明放置它们的位置）。.cbx~/Library/TinyTex/texmf-local/tex/latex/biblatex

为了获得系统识别的引用样式，我将.bbx和.cbx文件分别放在里面~/Library/TinyTex/texmf-dist/tex/latex/biblatex/bbx和~/Library/TinyTex/texmf-dist/tex/latex/biblatex/cbx。然后，在终端中，我跑了sudo mktexlsr.

（或者，仅用于特定文档，.bbxand.cbx文件可以简单地与 R Markdown 文件一起保存在项目目录中）

原始的hacky答案（但请参阅上面的更新）：

biblatexoptions我没有在 R Markdown 文档的 YAML 标题中使用，而是简单地用citation_package: biblatex（并且没有额外的选项）编织它。我还添加了keep_tex: yes. 然后，我打开了生成的 tex 文件，找到了\usepackage{bibtex}命令并添加了所需的选项，所以它读取了\usepackage[bibstyle=biblatex-sp-unified,citestyle=sp-authoryear-comp]{biblatex}.

最后，我在终端中运行pdflatex了bibertex 文件。显然远非理想，但它在技术上会产生所需的输出。

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