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shell - 使用映射文件更改列的名称

问题描述

我有一个包含 3 列的文件，如下所示：

NC_0001 10 x
NC_0001 11 x
NC_0002 90 y

我想使用另一个包含转换的文件 .txt 更改第一列的名称，就像：

NC_0001 1
NC_0001 1
NC_0002 2

...

所以最后我应该有：

1 10 x
1 11 x
2 90 y

我怎样才能做到这一点？PS第一个文件非常大（50 GB）所以我必须使用像awk这样的unix命令。

标签： shellfiledictionaryunixawk

解决方案

awk -f script.awk map_file data_file

NR == FNR {                  # for the first file
    tab[$1] = $2             # create a k/v of the colname and rename value
}

NR != FNR {                  # for the second file
    $1 = tab[$1]             # set first column equal to the map value
    print                    # print
}

作为单行

awk 'NR==FNR{t[$1]=$2} NR!=FNR{$1=t[$1];print}' map_file data_file

如果可能，您应该拆分第一个文件并在每个分区文件上并行运行此命令。然后，加入结果。

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