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python - Snakemake - 尝试使用 global_wildcards 时出现问题（TypeError：预期的 str，得到列表）

问题描述

我是使用 Snakemake 的新手，也不是 Python 专家，所以答案可能很明显。在我尝试使用glob_wildcards将我的所有 fastq.gz 文件从一个目录 (FASTQDIR) 转换为 fastqc 文件之前，我的工作流程中的一切都在我的测试中运行良好。

SAMPLES 列表中的示例名称没问题，但我有一个错误，说需要一个字符串而不是列表（我假设这是我的 SAMPLES 列表），我真的不知道在我的 Snakefile 中的哪个位置进行更正它。我知道这肯定与我对 glob_wildcards 的使用有关，但我不明白问题出在哪里。你知道我该如何解决吗？

这是我的Snakefile代码：

FASTQDIR = "/fastq/files/directory/"
WDIR = "/my/working/directory/"
SAMPLES, = glob_wildcards(FASTQDIR + "{sample}.fastq.gz")

rule all:
    input:
        expand(WDIR + "Fastqc/{sample}_fastqc.html", sample=SAMPLES),
        expand(WDIR + "Fastqc/{sample}_fastqc.zip", sample=SAMPLES)

#Generates fastqc file for the sample fastq.gz file in the Fastqc directory
rule fastqc_generate_qc:
    input:
        expand(FASTQDIR + "{sample}.fastq.gz", sample=SAMPLES)
    output:
        expand(WDIR + "Fastqc/{sample}_fastqc.html", sample=SAMPLES),
        expand(WDIR + "Fastqc/{sample}_fastqc.zip", sample=SAMPLES)
    shell:
        "fastqc --outdir Fastqc/ {input}"

这是整个Traceback：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/__init__.py", line 420, in snakemake
    force_use_threads=use_threads)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/workflow.py", line 480, in execute
    success = scheduler.schedule()
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/scheduler.py", line 215, in schedule
    self.run(job)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/scheduler.py", line 229, in run
    error_callback=self._error)
  File "/home/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/executors.py", line 59, in run
    self._run(job)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/executors.py", line 120, in _run
    super()._run(job)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/executors.py", line 66, in _run
    self.printjob(job)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/executors.py", line 85, in printjob
    msg=job.message,
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/jobs.py", line 175, in message
    self.rule.message else None)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/jobs.py", line 542, in format_wildcards
    return format(string, **_variables)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/site-packages/snakemake/utils.py", line 259, in format
    return fmt.format(_pattern, *args, **variables)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/string.py", line 187, in format
    return self.vformat(format_string, args, kwargs)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/string.py", line 191, in vformat
    result, _ = self._vformat(format_string, args, kwargs, used_args, 2)
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/string.py", line 201, in _vformat
    self.parse(format_string):
  File "/home/miniconda3/envs/snakemake-tutorial/lib/python3.5/string.py", line 285, in parse
    return _string.formatter_parser(format_string)
TypeError: expected str, got list

预先感谢您的帮助

标签： pythonsnakemake

解决方案

您在这里没有使用通配符。

您的规则fastqc_generate_qc将所有 fastq 文件作为输入，并在此处输出所有 fastqc 文件。
在snakemake 中要记住的一件事是：expand生成文件列表。你不想在这里：

rule fastqc_generate_qc:
    input:
        FASTQDIR + "{sample}.fastq.gz"
    output:
        WDIR + "Fastqc/{sample}_fastqc.html",
        WDIR + "Fastqc/{sample}_fastqc.zip"
    shell:
        "fastqc --outdir Fastqc/ {input}"

这sample是一个通配符。这是您的规则，所有这些都会触发真实文件名的生成。然后，fastqc_generate_qc 规则将使用通配符将该规则应用于所有规则中要求的任何输出。

有关信息，如果要在扩展函数中使用通配符，则必须将括号加倍： expand("path/{{study}}/{sample}, sample=SAMPLES)
这里，study是通配符，sample不是。sample值在 expand 函数的第二个参数中定义。

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