r - 在 R 中制作相关值的矩形矩阵，可能使用 corrplot

Question

我想在 R 中制作一个相关值矩阵。但是，我没有将参数与它们自己进行比较，所以它不是典型的 corrplot 是一个三角形并镜像在对角轴上。我实际上已经有了相关值。

我只是希望招募该corrplot功能（来自corrplot 包），该功能会产生如下图像：

我的数据，已经包含我想要绘制的相关值，是：

            X    animal.1   animal.2     animal.3    animal.4   animal.5
1 parameter 1  0.10258087  0.3338782  0.150246554  0.07295133  0.2484152
2 parameter 2  0.04205748  0.4062727 -0.002101464  0.12068818  0.2951127
3 parameter 3  0.11264488  0.4114954  0.067145776  0.13361071  0.3246052
4 parameter 4 -0.02261649 -0.2426341  0.108042167 -0.12820517 -0.2005686
5 parameter 5 -0.01576384 -0.2300852  0.112941655 -0.12391976 -0.1906473
6 parameter 6 -0.09749030 -0.3110920  0.021994297 -0.13570257 -0.2557532

我希望情节看起来像一个 corrplot，但它将是一个完整的矩形。我想要不同直径的圆圈，正值或负值的两种不同颜色，以及沿图边的颜色渐变。本质上，我想要一个矩形值表的 corrplot 主题。

我还要求查看是否可以在具有显着 (p<0.05) p 值的网格方块上放置星号。我现在附上 p 值矩阵的 dput 文件

structure(list(X = structure(1:6, .Label = c("parameter 1", "parameter 2", 
"parameter 3", "parameter 4", "parameter 5", "parameter 6"), class = "factor"), 
Animal.1 = c(0.2454906, 0.63471, 0.2019519, 0.7984066, 0.8587147, 
0.2698293), Animal.2 = c(0.000103586, 1.62e-06, 1.15e-06, 
0.005412082, 0.008451775, 0.000315107), Animal.3 = c(0.08796553, 
0.9810688, 0.447827, 0.2211191, 0.2007585, 0.8038392), Animal.4 = c(0.4094627, 
0.1713835, 0.1296492, 0.1460429, 0.1601174, 0.1236984), Animal.5 = c(0.004374306, 
0.000653099, 0.00016464, 0.02213469, 0.0298038, 0.003315349
)), .Names = c("X", "animal.1", "animal.2", "animal.3", "animal.4", 
"animal.5"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))

标签： rggplot2plotcorrelationr-corrplot

Answer 1

我认为您只需要将 df 转换为矩阵，然后运行该corrplot函数。

library(corrplot)

#Transform data to matrix
matrix_cor<-as.matrix(df[,-1])

#Set row names as df first column
row.names(matrix_cor)<-df[,1]

corrplot(matrix_cor,
         method = "circle")