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r - 将空格分隔的文本文件转换为命名向量以计算 HWE

问题描述

我正在处理文本文件和向量。

我有一个空格分隔的文本文件，格式如下：

id1 AA 44 AG 20 GG 36
id2 CC 30 CT 22 TT 48
id3 CT 60 CC 30 TT 10
...

我需要一个循环遍历每一行的代码，并将 id 放入一个变量中，并将其余值放入一个向量中。第一行对应的向量示例：

x <- id1
y <- c(AA=40,AG=20,GG=36)

编辑：我需要使用HardyWeinberg包中的HWChisq函数来排除 p 值 < 0.001 的 SNP。函数需要每个等位基因的命名计数向量。

标签： rbioinformaticsgenetics

解决方案

如果我们有备用列（假设我们通过读取.csv文件在 R 中创建了一个对象read.csv/read.table），然后按行拆分，asplit不包括第一列 'id' 列，并创建一个命名向量setNames

lst1 <- Map(setNames, asplit(df1[-1][c(FALSE, TRUE)], 1), 
         asplit(df1[-1][c(TRUE, FALSE)], 1))
names(lst1) <- df1[[1]]
lst1$id1
# AA AG GG 
# 44 20 36

数据

df1 <- structure(list(id = c("id1", "id2", "id3"), v1 = c("AA", "CC", 
"AA"), v2 = c(44L, 30L, 60L), v3 = c("AG", "CT", "AG"), v4 = c(20L, 
22L, 30L), v5 = c("GG", "TT", "GG"), v6 = c(36L, 48L, 10L)), 
class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-3L))

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