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r - R：M3C 库 - 重复的 row.names 错误消息

问题描述

我正在尝试使用 R 中的 M3C 库运行共识聚类。我的数据集包含 451 个样本和约 2500 个基因。行名称是基因的 ENTREZ ID（数值）。我已经使用“any(duplicated(colnames(MyData)))”命令交叉检查了数据集，以确保行名中没有重复的条目。我运行以下命令来使用 M3C 库执行共识集群：

res <- M3C(MyData, cores=8, seed = 123, des = annotation, removeplots = TRUE, analysistype = 'chi', doanalysis = TRUE, variable = 'class')

我收到以下错误：

Warning message:
"non-unique values when setting 'row.names': "

Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value): duplicate 'row.names' are not allowed
Traceback:

1. M3C(MyData, cores = 8, seed = 123, des = meta, removeplots = TRUE, 
 .     analysistype = "chi", doanalysis = TRUE, variable = "class")
2. M3Creal(as.matrix(mydata), maxK = maxK, reps = repsreal, pItem = 0.8, 
 .     pFeature = 1, clusterAlg = clusteralg, distance = distance, 
 .     title = "/home/christopher/Desktop/", printres = printres, 
 .     showheatmaps = showheatmaps, printheatmaps = printheatmaps, 
 .     des = des, x1 = pacx1, x2 = pacx2, seed = seed, removeplots = removeplots, 
 .     silent = silent, doanalysis = doanalysis, analysistype = analysistype, 
 .     variable = variable, fsize = fsize, method = method)
3. `row.names<-`(`*tmp*`, value = newerdes$ID)
4. `row.names<-.data.frame`(`*tmp*`, value = newerdes$ID)
5. `.rowNamesDF<-`(x, value = value)
6. stop("duplicate 'row.names' are not allowed")

谁能帮我解决这个问题？

谢谢

标签： rdataframecluster-analysisconsensus

解决方案

我使用 M3C 运行了以下等效项：

df_wide_matrix  # my expression matrix
any(duplicated(colnames(df_wide_matrix)))  # result = FALSE

M3C::M3C(df_wide_matrix, iters=2, repsref=2, repsreal=2, clusteralg="hc", objective="PAC")

除了：

In addition: Warning message:
non-unique values when setting 'row.names': ‘ABCDEF’, ‘ABCDGH’

我认为这个问题是由于这些特征中的每一个的前四个字符是相等的这一事实引起的。因此，我在运行 M3C 之前暂时更改了它们各自的名称：

dup_ids <- which(colnames(dissADJ) %in% c("ABCDEF", "ABCDGH"))
colnames(dissADJ)[dup_ids] <- c("A", "B")

M3C::M3C(df_wide_matrix, iters=2, repsref=2, repsreal=2, clusteralg="hc", objective="PAC")

M3C 然后正常运行。这不是一个理想的解决方案，但对我有用 - 我已将其作为问题发布：https ://github.com/crj32/M3C/issues/6 。

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