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html - Pandoc 退出代码 7 到 html 文档的转换错误（在 Dockerized 环境中使用 Rmarkdown、Flexdashboard &knitr）

问题描述

我正在使用 Pandoc 将 Rmarkdown 文档转换为 html 文档。

rmarkdown::render('ReportTemp.Rmd', output_file = paste0('TestDocument', '_', filename_invoice, '.html'),
                    envir = new.env(parent = globalenv()),
                    run_pandoc = TRUE)

在 Rstudio 中本地运行时，这可以正常工作。但是当在 dockerized 设置中运行它时，编织部分似乎很好，但后来我收到了这个奇怪的错误消息。


output file: ReportTemp.knit.md

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS ReportTemp.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output Report_fake.html --email-obfuscation none --standalone --section-divs --template /usr/local/lib/R/site-library/flexdashboard/rmarkdown/templates/flex_dashboard/resources/default.html --variable 'theme:cosmo' --include-in-header /tmp/Rtmp95MPQt/rmarkdown-str179e2a9e3.html --mathjax --variable 'mathjax-url:ReportTemp_fake_files/mathjax-local/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --metadata pagetitle=DocssReportTemp.utf8.md --include-in-header /tmp/Rtmp95MPQt/file17545e146html --highlight-style pygments --include-before-body /tmp/Rtmp95MPQt/file1515f007c.html --include-after-body /tmp/Rtmp95MPQt/file15bd062c2.html

Error : pandoc document conversion failed with error 7

我在 pandoc 手册中找不到关于此退出代码 7 的任何内容。它似乎根本不存在。

它似乎产生了正确的 md.-format，但未能将其转换为 html 文档。

有谁知道这段代码以及发生了什么？

我个人认为这与 Rstudio 调用 pandoc 的方式和平台 R-base 在关于 Pandoc & Rstudio上运行的方式有关

似乎 Rstudio 在旧版本的 Pandoc (1.12.x) 中构建。这是否意味着新版本的 pandoc (2.x) 不适用于 Rmarkdown 2.1.x？

在本地，在 Rstudio 我有

  1. R-base v3.6.3
  2. 平台：x86_64-w64-mingw32
  3. Rmarkdown v2.1；
  4. 针织机 v1.28
  5. Flexdashboard V0.5.1.1
  6. Pandoc V2.9.2.1（这是一个单独的安装，可能是 Rstudio 使用了我不知道的不同版本）。

在我使用的 docker Image 中：

  1. R-base v3.6.3
  2. 平台：x86_64-pc-linux-gnu
  3. 降价 v2.1
  4. 针织机 v1.28
  5. Flexdashboard V0.5.1.1
  6. 潘多克 V2.5

任何帮助将非常感激！

标签： htmldockerr-markdownknitrpandoc

解决方案

最后，它与我在 R 脚本开头声明/设置的环境变量有关。仍然不确定它为什么调用退出代码 7（以及此代码的含义）。但我很高兴它没有再次发生。

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