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python - Snakemake - 第 20 行中缺少 MissingInputException：缺少规则字符串的输入文件：

问题描述

我在为 StringTie 运行这个小蛇形程序时没有成功；试运行给出了“规则字符串”的 MissingInputException 错误，我无法理解这里的问题，因为相同的目录结构适用于不同的蛇形程序。

我已经使用“hisat2”生成了 bam 文件，并且位于目录：“ /alternate_splice/bam_out/ ”中，该目录存储为“ bamdir ”。

由于名称和位置合适，snakemake 应该能够找到输入文件，但是每次都会抛出错误。

我确实看过与蛇相关的问题，但无法解决这个问题。如果有人可以在这里帮助我，那就太好了！

有 4 个示例：对于通配符，它​​从包含 fastq 文件的目录中获取列表

~/alternate_splice/expdata$ ls -ltr
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1306438351 Jan  2 09:46 TL-19-DA4299_T_RSQ1_2.fastq.gz
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1185743896 Jan  2 09:46 TL-19-DA4299_T_RSQ1_1.fastq.gz
> 
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1896352262 Jan  9 08:49 TL-20-24D57D_T_RSQ1_2.fastq.gz
 -rw-r--r-- 1 shivani domain^users 1730191383 Jan  9 08:49 TL-20-24D57D_T_RSQ1_1.fastq.gz
> 
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3215901253 Mar 25 10:28 BREAST_817_N1_RNA_REP1_1.fastq.gz
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3396212102 Mar 25 10:36 BREAST_817_N1_RNA_REP1_2.fastq.gz
> 
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3633768287 Mar 25 10:45 BREAST_792_N1_RNA_REP1_1.fastq.gz
 -rwxr-xr-x 1 shivani domain^users 3932340643 Mar 25 10:54 BREAST_792_N1_RNA_REP1_2.fastq.gz

这里的蛇文件：“ bamdir ”=bam 输出的目录“ geneGTF ”=定位 GFT 文件

两条规则：1.stringt 2.merge

 (SAMPLE,)=glob_wildcards("/home/shivani/alternate_splice/expdata/{sample}_1.fastq.gz")
#(SAMPLE,)=glob_wildcards("/home/shivani/alternate_splice/bam_out/{sample}.bam")
 bamdir = "/home/shivani/alternate_splice/bam_out/"
 refere_genome = "/home/shivani/ccb1_shivani/hisat2_trans_bam/hisat2_index/"
 geneGTF = "/home/shivani/stringtie_run/Homo_sapiens.GRCh37.87.gtf"

rule all:
        input:
               expand(bamdir+"{sample}_transcript.gft",sample=SAMPLE),
               expand(bamdir+"{sample}_abundance.tsv",sample=SAMPLE),
               expand(bamdir+"{sample}_coverage.gtf",sample=SAMPLE)
               expand(bamdir+"{sample}_stringtie_merge.gtf",sample=SAMPLE)


rule stringt:
        input:
                bm=bamdir+"{sample}.bam",
                gtf=geneGTF,
                tname="{sample}"
        output:
                tscripts=bamdir+"{sample}_transcript.gft",
                abund=bamdir+"{sample}_abundance.tsv",
                cov=bamdir+"{sample}_coverage.gtf"
        shell:
                """stringtie -p 4 -e -c 3.5 -G {input.gtf} -o {output.tscripts} -A {output.abund} -C {output.cov} -l {sample}{input.bm}"""


rule merge:
       input:
               trnsgtf=bamdir+"{sample}_transcript.gft",
               ggtf=geneGTF
       output :bamdir+"{sample}_stringtie_merge.gtf"
       shell:"stringtie -p 4 --merge -G {input.ggtf} -o {output} {input.trnsgtf}"

这个snakemake的试运行：我没有使用“Snakefile”作为指定名称，而是使用了“stringtie_trans”

snakemake -n -r -s stringtie_trans

输出如下：

/home/shivani/alternate_splice/stringtie_trans 的第 20 行中的 MissingInputException ::::
Missing Input Files :::: for rule stringt: BREAST_792_N1_RNA_REP1

标签： pythoncondabioinformaticsbiopythonsnakemake

解决方案

作为输入，您有一个tname未使用的变量，我认为它是错误的：

rule stringt:
        input:
            bm=bamdir+"{sample}.bam",
            gtf=geneGTF,
            tname="{sample}"  <-- should this be here?

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