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linux - 从文本文件中查找内容与某行匹配的文件

问题描述

我有一个文本文件 - accessions.txt（下面是这个文件的一个子集）：

KRO94967.1
KRO95967.1
KRO96427.1
KRO94221.1
KRO94121.1
KRO94145.1
WP_088442850.1
WP_088252850.1
WP_088643726.1
WP_088739685.1
WP_088283155.1
WP_088939404.1

我有一个包含多个文件的目录（*.align）。

我想找到*.align内容与我的accessions.txt文本文件中的任何行匹配的文件名 ()。

我知道这find . -exec grep -H 'STRING' {} +可以找到特定的字符串（例如，将 STRING 替换为WP_088939404.1返回字符串所在的每个文件名WP_088939404.1）。

有没有办法STRING用“我的文本文件中的所有字符串”替换？

或者

还有另一种（更好的）方法可以做到这一点吗？

我试图避免编写一个循环来读取我所有文件的内容，因为它们太多了。

非常感谢！

标签： linuxbashgrepfind

解决方案

grep可以获取要匹配的模式列表-f。

grep -lFf accessions.txt directory/*.align

-F告诉 grep 将这些行解释为固定字符串，而不是正则表达式模式。

有时，-w还需要防止匹配内部单词，例如

abcd

可能不仅匹配abcd，还匹配xabcdor abcdy。有时，如果规则更复杂，则需要预处理输入列表以防止不必要的匹配。

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