cytoscape - Cytoscape：试图确定两种节点类型中哪一种更“中心”

Question

所以我有一个相当大的数据集（4k+ 个节点，16k+ 个边），并且有两种节点类型（我们称它们为“A”和“B”，组合约 130 个节点）应该被视为许多子网络的中心。我正在尝试创建一个可视化来说明 A 或 B 对这些子网络是否更“中心”。换句话说，A 还是 B 是更“重要”的组织类型？如果这有任何意义，我会很感激你的想法。（作为免责声明，我对软件相当陌生，但对基础知识非常熟悉。认为我是一个相当聪明的菜鸟哈哈）

标签： cytoscape

Answer 1

Cytoscape 包含一个名为 Network Analyzer 的工具（Tools->Analyze Network）。您要求的是衡量节点的“中心性”。有几种类型的中心性度量可用于“重要性”，具体取决于您所说的重要性。Network Analyzer 将提供新的列，其中包含主要的中心性度量：度中心性（节点作为枢纽的程度）、中介中心性（路径通过该节点的程度）和接近中心性（该节点的程度靠近其他节点）。请参阅https://cytoscape.org/cytoscape-tutorials/presentations/intro-cytoscape-2020-ucsf.html#/12简要讨论一些常见的网络中心性度量。

- 小型摩托车