r - R PCA：使用 fviz_pca_ind 函数，我们可以有两个分类变量：一个点形状和一个填充颜色？

Question

我正在尝试与个人一起制作 PCA 图 - 其中一个分类变量 (A) 将表示为点形状（例如，一组为圆形，第二个为正方形等） - 和第二个分类变量（ B）作为点内的颜色这可能吗？你会使用哪个代码？

标签： rpca

Answer 1

我认为您不能修改 的输出fviz_pca_ind()，因此您需要从结果中取出数据，然后使用 ggplot2 再次绘制：

library(factoextra)
library(ggplot2)

data <- iris
colnames(data)[5] <- "A"
data$B <- sample(letters[1:2],nrow(data),replace=TRUE)

res.pca <- prcomp(data[,1:4],  scale = TRUE)
basic_plot <- fviz_pca_ind(res.pca, label="none")

ggplot(cbind(basic_plot$data,data[,c("A","B")]),
aes(x=x,y=y,col=A,shape=B)) + geom_point() + theme_bw()