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r - 引导“lme（）”，nlme，由 lmeresampler

问题描述

有谁知道如何引导由 lme 函数（nlme 包）构建的线性混合效应模型？

半年前，我可以通过“lmeresampler”包中的“bootstrap”函数来做到这一点，但它目前不能使用相同的数据和代码运行。这些包裹怎么了？

mod<-lme(PC1~SA+Y+CMIave+MATave,
        random=~1|PLOT_ID,data)

mixed.bootmod<-lmeresampler::bootstrap(mod,function(.)fixef(.),type="parametric",B=1000)

#This doesn't run, showing an error that 

> "some bootstrap runs failed", producing NAs

#However, lmer works

mod1<-lmer(PC1~SA+Y+CMIave+MATave+(1|PLOT_ID),data)

mixed.bootmod<-bootMer(mod,function(.)fixef(.),nsim=1000)
mixed.bootmod<-lmeresampler::bootstrap(mod,function(.)fixef(.),type="parametric",B=1000)

标签： rlme4statistics-bootstrapnlmelinearmodels

解决方案

我相信 lmeresampler 包是最近通过编辑命令调用而被提取的，因为我在网上遇到了两种不同风格的示例，只有一种有效。当我为我的混合模型运行 bootstrap() 时，它使用以下命令样式工作：

mod<-lme(biomass~Community*Nutrient+Salinity, random=~1|Block,data)
mod_boot<-lmeresampler::bootstrap(mod, fn=fixef, type="parametric",B=10000)

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