r - 我们能否将回归方程与 R2 和 p 值巧妙地对齐？

问题描述

将回归方程、R2 和 p 值（对于方程）巧妙地添加到ggplot图中的最佳（最简单）方法是什么？理想情况下，它应该与组和分面兼容。

第一个图具有回归方程加上 r2 和使用ggpubr分组的 p 值，但它们没有对齐？我错过了什么吗？它们可以作为一个字符串包含吗？

library(ggplot)
library(ggpubr)

ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg, group = cyl))+
  geom_smooth(method="lm")+
  geom_point()+
  stat_regline_equation()+
  stat_cor(aes(label = paste(..rr.label.., ..p.label.., sep = "*`,`~")),
           label.x.npc = "centre")

这是ggpmisc的一个选项，它做了一些奇怪的放置。
编辑奇怪的位置是由引起的geom=text，我已将其注释掉以提供更好的位置，并添加了 `label.x = "right" 以停止过度绘制。由于@dc37 标记的上标问题，我们仍然有根据ggpubr的错位

#https://stackoverflow.com/a/37708832/4927395
library(ggpmisc)

ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg, group = cyl))+
  geom_smooth(method="lm")+
  geom_point()+
  stat_poly_eq(formula = "y~x", 
             aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., sep = "*`,`~")), 
             parse = TRUE)+
  stat_fit_glance(method = 'lm',
                  method.args = list(formula = "y~x"),
                  #geom = 'text',

                  aes(label = paste("P-value = ", signif(..p.value.., digits = 4), sep = "")))

我确实找到了一个很好的解决方案来将相关的统计数据整合在一起，但这需要在 ggplot 之外创建回归，以及一堆字符串操作绒毛——这是否很容易？此外，它不（按当前编码）处理分组，也不处理分面。

#https://stackoverflow.com/a/51974753/4927395
#Solution as one string, equation, R2 and p-value
lm_eqn <- function(df, y, x){
  formula = as.formula(sprintf('%s ~ %s', y, x))
  m <- lm(formula, data=df);
  # formating the values into a summary string to print out
  # ~ give some space, but equal size and comma need to be quoted
  eq <- substitute(italic(target) == a + b %.% italic(input)*","~~italic(r)^2~"="~r2*","~~p~"="~italic(pvalue), 
                   list(target = y,
                        input = x,
                        a = format(as.vector(coef(m)[1]), digits = 2), 
                        b = format(as.vector(coef(m)[2]), digits = 2), 
                        r2 = format(summary(m)$r.squared, digits = 3),
                        # getting the pvalue is painful
                        pvalue = format(summary(m)$coefficients[2,'Pr(>|t|)'], digits=1)
                   )
  )
  as.character(as.expression(eq));                 
}

ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg, group=cyl))+
  geom_point() +
  geom_text(x=3,y=30,label=lm_eqn(mtcars, 'wt','mpg'),color='red',parse=T) +
  geom_smooth(method='lm')

标签： rggplot2labelggpubrggpmisc

我已经更新了 'ggpmisc' 以简化此操作。版本 0.3.4 现在正在向 CRAN 发送，源代码包已上线，二进制文件应在几天内构建。

library(ggpmisc) # version >= 0.3.4 !!

ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg, group = cyl)) +
  geom_smooth(method="lm")+
  geom_point()+
  stat_poly_eq(formula = y ~ x, 
               aes(label = paste(..eq.label.., ..rr.label.., ..p.value.label.., sep = "*`,`~")), 
               parse = TRUE,
               label.x.npc = "right",
               vstep = 0.05) # sets vertical spacing

r - 我们能否将回归方程与 R2 和 p 值巧妙地对齐？

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