cytoscape - Ubuntu 19.10 上的 Cytoscape 问题
问题描述
我使用的是 Ubuntu 19.10,尽管有 Java 11,但在启动 Cytoscape 时遇到问题:
错误信息:
Your current $PATH:
/home/kimani/anaconda3/bin:/usr/local/ncbi/sra-tools/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games:/snap/bin:/usr/lib/cd-hit:/usr/lib/cd-hit
Checking $JAVA_HOME
Error: $JAVA HOME is not set
If you don't have Java yet, please download JDK from Oracle web site:
http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html
Don't forget to select correct version.
Your machine type is: x86_64
Checking Connection to Cytoscape App Store
- Checking connection to Cytoscape App Store...
apps.cytoscape.org has address 52.34.133.210
- Result: 4 packets transmitted, 0 received, +4 errors, 100% packet loss, time 3002ms
Error: Seems connection to App Store is unstable.
traceroute result:
traceroute to apps.cytoscape.org (52.34.133.210), 30 hops max, 60 byte packets
1 _gateway (10.10.10.254) 0.992 ms 1.492 ms 2.039 ms
2 10.40.0.1 (10.40.0.1) 3.642 ms 3.701 ms 3.680 ms
3 172.16.180.34(172.16.180.34) 8.137 ms 8.459 ms 8.375 ms
4 172.16.180.186(172.16.180.186) 17.366 ms 17.699 ms 17.686 ms
5 172.16.180.185(172.16.180.185) 18.061 ms 18.037 ms 18.019 ms
更好阅读的图片:
解决方案
您可以尝试几件事。首先,在 shell 中执行which java 以确保存在已安装 Java 11 的路径。其次,如果您在路径上看到已安装的 Java,请尝试执行java -version以确保显示正确的 Java。最后,您能否尝试从 shell 运行 Cytoscape 以捕获输出错误。默认情况下是 /opt/Cytoscape_v3.8.0/cytoscape.sh。
谢谢!
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