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snakemake - 使用snakemake将文件复制到多个目录，其中通配符用于目标名称的一部分

问题描述

我正在尝试使用 snakemake 将文件复制到多个目录，并且我需要能够使用通配符作为目标名称的一部分。以前我尝试过在 Snakefile 中指定“dirs”（这是一个示例，实际应用程序有 15 个目录）。

dirs=['k_1','k2_10']
rule all:
        input:
                expand("{f}/practice_phased_reversed.vcf",f=dirs)
rule r1:
        input:
                "practice_phased_reversed.vcf"
        output:
                "{f}/{input}"
        shell:
               "cp {input} {output}"

这会根据需要复制文件。但是文件名必须在规则 all 中给出。如何更改此设置，以便可以在命令行上使用通配符作为名称的一部分指定目标？

然后我尝试了这个（如下），使用命令“snakemake practice_phased_reversed.vcf”，但它给出了一个错误：“MissingRuleException：没有规则产生 practice_phased_reversed.vcf”

dirs=['k_1','k2_10']
rule all:
        input:
                expand("{f}/{{base}}_phased_reversed.vcf",f=dirs)
rule r1:
        input:
                "{base}_phased_reversed.vcf"
        output:
                "{f}/{input}"
        shell:
               "cp {input} {output}"

有没有办法解决这个问题，所以我可以使用命令行和通配符。谢谢你的帮助。

标签： snakemake

解决方案

我建议进行一些更改。您的第二个蛇文件将无法全部解析规则，因为它仍然包含通配符base。您需要在配置文件中或通过命令行提供。

但是，如果你只是想通过命令行来表达目标，你不需要担心所有的规则。在规则 r1 中，您可能想要扩展输出；我认为引用不起作用input，我很惊讶这不是一个错误......

所以：

rule r1:
        input:
                "{base}_phased_reversed.vcf"
        output:
                "{f}/{base}_phased_reversed.vcf"
        shell:
               "cp {input} {output}"

snakemake ./test_phased_reversed.vcf仍然会是一个错误，因为它试图将一个文件作为同一规则的输入和输出。我同意这个错误信息不是很丰富，因为输入文件确实存在。也许在引擎盖下，由于匹配的输入/输出，snakemake 将规则 r1 排除在考虑之外？ snakemake test/test_phased_reversed.vcf在子目录中给出一个副本。

希望这很清楚。我不太明白你想要完成的事情！

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