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r - R脚本打开文件夹，然后识别文件，重命名并读取它

问题描述

我最近学会了使用 R 进行编码，并且我设法处理文件中的数据，但我无法让它自己操作文件。这是我的问题：

我想在我的工作目录中依次打开"Laurent/R"其中的 3 个文件夹（"gene_1"、"gene_2"、"gene_3"）。

在每个文件夹中，我希望将一个特定的 .csv 文件（包含特定单词“Cq”的文件）重命名为“gene_x_Cq”（然后将这 3 个重命名的文件移动到新文件夹中（有必要吗？））。

然后我希望能够连续打开这 3 个 .csv 文件（我想是 read.csv）来操作其中的数据。我查看了不同的功能，例如list.file, unlist，file.rename但我确信它们是合适的，我不知道如何在我的情况下使用它们。任何人都可以帮忙吗？（我用的是 Mac）谢谢 Laurent

标签： rrename

解决方案

这是一个潜在的解决方案。如果您有不明白的地方，请大声问出来！

setwd("Your own file path/Laurent")
library(stringr)

# list all .csv files
csvfiles <- list.files(recursive = T, pattern = "\\.csv")
csvfiles

# Pick out files that have cq in them, ensuring that you ignore uppercase/lowercase
cq.files <- csvfiles[str_detect(csvfiles, fixed("cq", ignore_case = T))]

# Get gene number for both files - using "2" here because gene folder is at the second level in the file path
gene.nb <- str_sub(word(cq.files, 2, 2, sep = "/"), 6, 6)
gene.nb

# create a new folder to place new files into
dir.create("R/genefiles")

# This will copy files, not move them. To move them, use file.rename - but be careful, I'd try file.copy first.
cq.files <- file.copy(cq.files,
                        paste0("R/genefiles/gene_", gene.nb, "_", "Cq", ".csv"))

# Now to work with all files in the new folder
library(purrr)
genefiles <- list.files("R/genefiles", full.names = T)

# This will bring in all data into one dataframe. If you want them brought in as separate dataframes,
# use something like gene1 <- read.csv("R/genefiles/gene_1_Cq.csv")
files <- map_dfr(genefiles, read.csv)

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