首页 > 解决方案 > 编译 Rpackage 的问题:使用 Rcpp 的 asNamespace(ns) 中的错误

问题描述

在 C中使用一个小的 Rcpp 包Boost及其一些几何函数。

完成了函数的编写,一切运行良好。Clean and Rebuild在推送到 GitHub 之前,最后一次测试了一切是否正常(并测试了功能)。一旦我仔细检查了目录是否全部干净地存储在 GitHub 中,我就从本地计算机中删除了该目录。还应该注意的是,我在上面运行了 Roxygen2 并管理NAMESPACE文件。

将目录克隆回来后,Clean and Rebuild我收到以下错误:

==> Rcpp::compileAttributes()

* Updated R/RcppExports.R

==> R CMD INSTALL --preclean --no-multiarch --with-keep.source MinimumRcpp

* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library’
* installing *source* package ‘MinimumRcpp’ ...
clang++ -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2 -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
** libs
clang++ -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2 -c findParetoSet.cpp -o findParetoSet.o
clang++ -std=gnu++11 -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG  -I"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/Rcpp/include" -I/usr/local/include   -fPIC  -Wall -g -O2 -c kintersection.cpp -o kintersection.o
clang++ -std=gnu++11 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/Library/Frameworks/R.framework/Resources/lib -L/usr/local/lib -o MinimumRcpp.so RcppExports.o findParetoSet.o kintersection.o -F/Library/Frameworks/R.framework/.. -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation
installing to /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/MinimumRcpp/libs
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in asNamespace(ns) : not a namespace
Error : unable to load R code in package ‘MinimumRcpp’
ERROR: lazy loading failed for package ‘MinimumRcpp’
* removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.5/Resources/library/MinimumRcpp’

Exited with status 1.

当然,代码中没有任何变化。但是,我确实有以下.gitignore文件:

# /.gitignore
inst/lib
.Rproj.user     ## Could this be an issue? 
.Rproj.user/    ## Could this be an issue? 
.Rproj.user/**  ## Could this be an issue? 
src/*.o
src/*.so
src/*.dll
src/symbols.rds
.Rhistory
.RData
.DS_Store

## QtCreator
Rcpp.pro
Rcpp.pro.user
*.autosave
.#*

*.tar.gz

vignettes/*_cache

## GNU global
GPATH
GRTAGS
GTAGS

##
local/

## docker helpers
docker/*sh
docker/*/*.sh
# /.Rbuildignore
debian
inst/doc/html
inst/doc/latex
inst/doc/man
inst/doc/jss.bst
vignettes/jss.bst
^.*\.Rproj$
^\.Rproj\.user$
vignettes/notyet
doxyfile
\.travis\.yml
\.dir-locals\.el
\.clang_format
vignettes/getCurrentVersionsOfCitedPackages.R
^Contributing.md$
^\.codecov\.yml$
inst/include/Rcpp.h.new
inst/include/Rcpp.h.old
LICENSE
.*\.tar\.gz$
\.editorconfig
docker
^GPATH
^GRTAGS
^GTAGS
^local
vignettes/Makefile
vignettes/rmd
\.github

是否有可能一些构建包所需的包数据​​被留下并导致当前问题?

任何援助将不胜感激。此外,任何有关如何调试的建议都会有所帮助,因为当前的输出消息非常模糊,让我无所适从。

这是可重复性的 GitHub 存储库:https ://github.com/eduardoRubioG/MinimumRcpp

标签: rrcppr-package

解决方案


菜鸟错误,但很严重:

  • 永远不要脚本文件保存在您的R/目录中

  • 目录中的所有内容(我们的意思是所有内容)都获得了来源(假设它看起来像 R 代码,_即以 _i.e. 结尾.R

  • 您在其中留下了一个带有library(MinimumRcpp)调用的脚本,所以现在您的包字节码编译想要自己获取源-> 不是一个好计划

  • 简而言之,保留这些脚本,但将它们放入eg local/并排除local/via .Rbuildignore

加上重要的风格课

  • 不要留rm(list = ls(all = TRUE))在您的代码中

因此,如果您这样做mv R/script.R R/script.R.txt并重建,一切都很好。

(我收到了六条警告,因为n它不是一个size_t,而是与一个相比。你可能想早点施放它。)


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