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r - 比较插入符号模型对象的最佳功能

问题描述

我有许多使用相同数据和调整参数的插入符号模型对象。对于健全性检查，我想看看每种方法是否给了我相同的模型对象。（这是运行并行处理并确保我的模型相同的更广泛计划的一部分。）

例如，在下面，我训练了 2 个不同的模型并想进行比较。

当我比较插入符号对象时，它返回 FALSE。 

> library(caret)
> 
> set.seed(0)
> myControl <- trainControl(method='cv', index=createFolds(iris$Species))
> 
> set.seed(0)
> model1 <- train(Species~., iris, method='rf', trControl=myControl)
> 
> set.seed(0)
> model2 <- train(Species~., iris, method='rf', trControl=myControl)
> 
> identical(model1,model2)
[1] FALSE
> all.equal(model1,model2)
[1] "Component “times”: Component “everything”: Mean relative difference: 0.09036145"
[2] "Component “times”: Component “final”: Mean relative difference: 0.75"           
> compare_models(model1, model2)

    One Sample t-test

data:  x
t = NaN, df = 9, p-value = NA
alternative hypothesis: true mean is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 NaN NaN
sample estimates:
mean of x 
        0

如果我比较最终模型而不是插入符号对象，它将返回 TRUE。

> identical(model1$finalModel,model2$finalModel)
[1] TRUE
> all.equal(model1$finalModel,model2$finalModel)
[1] TRUE

所以我试图确定为什么插入符号对象不同？或者如果我使用了错误的功能？

我还设置了种子（例如在此示例中：https ://stackoverflow.com/a/21988897/8799325 ）并且仍然存在相同的问题。

更新：当我交换不同的模型（例如 rpart、lm）时，使用 finalModel 规范我得到相同（）调用的 FALSE 和 all.equal（）的 TRUE。在使用不同的模型时一定有什么东西？

> set.seed(0)
> myControl <- trainControl(method='cv', index=createFolds(iris$Species))
> 
> set.seed(0)
> model3 <- train(Species~., iris, method='rpart', trControl=myControl)
> 
> set.seed(0)
> model4 <- train(Species~., iris, method='rpart', trControl=myControl)
> 
> identical(model3,model4)
[1] FALSE
> all.equal(model3,model4)
[1] "Component “times”: Component “everything”: Mean relative difference: 0.05063291"
[2] "Component “times”: Component “final”: Mean relative difference: 1"              
> compare_models(model3, model4)

    One Sample t-test

data:  x
t = NaN, df = 9, p-value = NA
alternative hypothesis: true mean is not equal to 0
95 percent confidence interval:
 NaN NaN
sample estimates:
mean of x 
        0 

> 
> identical(model3$finalModel,model4$finalModel)
[1] FALSE
> all.equal(model3$finalModel,model4$finalModel)
[1] TRUE

标签： rr-caretmodel-comparison

解决方案

train()存储运行函数所花费的执行时间，请参见model1$times和?train。我认为这些时间与您的目的无关，因此您可以放心地忽略它们：

all.equal(model1[!names(model1) %in% "times"], model2[!names(model2) %in% "times"])

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