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r - icc 在数据帧上，每个评估者都有一行

问题描述

让我首先说我对 R 完全陌生，并试图弄清楚如何在我的特定数据集上运行 icc，这可能与通常情况有所不同。

数据集如下所示

+------------+------------------+--------------+--------------+--------------+
|    date    | measurement_type | measurement1 | measurement2 | measurement3 |
+------------+------------------+--------------+--------------+--------------+
| 25-04-2020 |                1 |         15.5 |         34.3 |         43.2 |
| 25-04-2020 |                2 |         21.2 |         12.3 |          2.2 |
| 25-04-2020 |                3 |         16.2 |          9.6 |         43.3 |
| 25-04-2020 |                4 |           27 |            1 |            6 |
+------------+------------------+--------------+--------------+--------------+

现在我想对所有这些行进行 icc ，因为每一行代表不同的评估者。它应该将dateandmeasurement_type列排除在外。

有人能指出我正确的方向吗，我完全不知道该怎么做。

------- 编辑 -------
我导出了实际数据集，该数据集将包含一些测试数据。可在此处获得

这里有两张重要的纸是第一张和第三张。第一个包含研究的所有参与者，第三个包含每个参与者的所有 4 份不同的报告。到目前为止，我的代码只是将每个报告与正确的参与者联系起来；

library("XLConnect")
library("sqldf")
library("irr")
library("dplyr")
library("tidyr")

# Load in Workbook
wb = loadWorkbook("Measuring.xlsx")
# Load in Worksheet
# Sheet 1 = Study Results
# Sheet 3 = Meetpunten
records = readWorksheet(wb, sheet=1)
reports = readWorksheet(wb, sheet=3)

for (record in 1:nrow(records)) {
  recordId = records[record, 'Record.Id']
  participantReports = sqldf(sprintf("select * from reports where `Record.Id` = '%s'", recordId))

  baselineReport = sqldf("select * from participantReports where measurement_type = '1'")
  drinkReport = sqldf("select * from participantReports where measurement_type = '2'")
  regularReport = sqldf("select * from participantReports where measurement_type = '3'")
  exerciseReport = sqldf("select * from participantReports where measurement_type = '4'")
}

标签： r

解决方案

由于在您的数据中，每一行代表不同的评估者，但 irr 包中的 icc 函数需要将评估者作为列，您可以忽略表的前两列，转置并运行 icc。

所以，假设这张表：

+------------+------------------+--------------+--------------+--------------+
|    date    | measurement_type | measurement1 | measurement2 | measurement3 |
+------------+------------------+--------------+--------------+--------------+
| 25-04-2020 |                1 |         15.5 |         34.3 |         43.2 |
| 25-04-2020 |                2 |         21.2 |         12.3 |          2.2 |
| 25-04-2020 |                3 |         16.2 |          9.6 |         43.3 |
| 25-04-2020 |                4 |           27 |            1 |            6 |
+------------+------------------+--------------+--------------+--------------+

存储在一个名为 的变量中data，我会这样做：

data2 = data.matrix(data[,-c(1,2)]) # generates the dataset without the first two columns

data2这张表是：

+--------------+--------------+--------------+
| measurement1 | measurement2 | measurement3 |
+--------------+--------------+--------------+
|         15.5 |         34.3 |         43.2 |
|         21.2 |         12.3 |          2.2 |
|         16.2 |          9.6 |         43.3 |
|           27 |            1 |            6 |
+--------------+--------------+--------------+

然后：

data2 = t(data2) # transpose data2 so as to have raters in the columns and their ratings in each line
icc(data2) # here i'm not bothering with the parameters, but you should explore the appropriate icc parameters for your needs.

应该生成正确的运行。

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