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r - 在R中制作邻接矩阵

问题描述

我想从一个mydata包含几行的数据框（）中创建一个邻接矩阵，并遵循以下规则：

  1. 将所有字母列为方阵
  2. 从对应行的source其余列 ( )计算和求和连接数。p1 p2 p3 p4 p5例如，b与a（2 和 8 行）连接 5 次。
  3. 如果字母不包含在 中source，则连接值应为零。

数据框是：

mydf <- data.frame(p1=c('a','a','a','b','g','b','c','c','d'),
                               p2=c('b','c','d','c','d','e','d','e','e'),
                               p3=c('a','a','c','c','d','d','d','a','a'),
                               p4=c('a','a','b','c','c','e','d','a','b'),
                               p5=c('a','b','c','d','I','b','b','c','z'),
                               source=c('a','b','c','d','e','e','a','b','d'))

邻接矩阵应该如下

        a b c d e g I z
      a 4 2 1 3 0 0 0 0
      b 5 1 3 0 1 0 0 0
      c 1 1 2 1 0 0 0 0
      d 1 2 3 2 1 0 0 1
      e 0 2 1 3 2 1 1 0
      g 0 0 0 0 0 0 0 0
      I 0 0 0 0 0 0 0 0
      z 0 0 0 0 0 0 0 0

我有数百列和数千行。我希望有任何最快的方法在 R 中做到这一点

标签： rdplyrigraphtidyradjacency-matrix

解决方案

在基础 R 中，我们可以使用table：

vals <- unlist(mydf[-ncol(mydf)])
table(factor(rep(mydf$source, ncol(mydf) - 1), levels = unique(vals)), vals)

#  vals
#    a b c d e g I z
#  a 4 2 1 3 0 0 0 0
#  b 5 1 3 0 1 0 0 0
#  g 0 0 0 0 0 0 0 0
#  c 1 1 2 1 0 0 0 0
#  d 1 2 3 2 1 0 0 1
#  e 0 2 1 3 2 1 1 0
#  I 0 0 0 0 0 0 0 0
#  z 0 0 0 0 0 0 0 0

我们tidyverse可以这样做：

library(dplyr)
library(tidyr)

mydf %>%
  pivot_longer(cols = -source) %>%
  count(source, value) %>%
  pivot_wider(names_from = value, values_from = n) %>%
  complete(source = names(.)[-1]) %>%
  mutate_all(~replace_na(., 0))

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