bash - vsearch - 多线程集群

Question

我有几个要使用 vsearch ( https://github.com/torognes/vsearch ) 集群的 fasta 文件，并为每个 fasta 文件保存一个“质心文件”和“集群结果文件” 。

因为我有很多文件，我打算利用 vsearch 的多线程功能，我写了下面的循环：

#!/bin/bash
# input fasta files
fastaFile=*.fasta

# vsearch cluster_fast loop
for f in $fastaFile
do
    vsearch --cluster_fast \
    $f \
    --id 1 \
    --qmask none \
    --centroids $f.$centroids.txt \
    --uc $f.uc.txt
done

不幸的是，似乎一次在每个fasta文件上都使用了多线程，我无法弄清楚如何在vsearch之外组织并行化。

标签： bashbioinformatics