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r - R：在 macOS 10.15 上升级到 R 4.0 后，无法从源代码安装 R 包

问题描述

我刚刚升级到 R 4.0 并试图重新安装一些软件包。但是，我现在似乎无法从源代码安装。

例如，在询问时运行install.packages("rlang")和回答yes时Do you want to install from sources the package which needs compilation? (Yes/no/cancel)，我收到以下错误消息：

In file included from capture.c:1:
/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include/Rinternals.h:39:11: fatal error: 'stdio.h' file
      not found
# include <stdio.h>
          ^~~~~~~~~
1 error generated.
make: *** [capture.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘rlang’

有人知道如何解决这个问题吗？我知道我可以只安装二进制版本，但如果不修复的话，这对于未来的软件包安装来说似乎仍然是一个烦人的问题。

非常感谢！

如果有帮助，这里是输出sessionInfo()：

R version 4.0.0 (2020-04-24)
Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.4

Matrix products: default
BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_4.0.0

标签： rmacosinstallation

解决方案

我还在rlangGitHub 上发布了这个问题，其中一位开发人员建议了以下修复：

  1. 创建~/.R/Makevars文件（如果还没有）
  2. 将以下行添加到~/.R/Makevars：
CPPFLAGS += -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include

这似乎为我解决了这个问题。请注意，此修复仅适用于 macOS 10.15 (Catalina)。

可以在此处找到有关 macOS 的 R 工具链的更多有用信息：https ://thecoatlessprofessor.com/programming/cpp/r-compiler-tools-for-rcpp-on-macos/

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