r - 使用 data.table::fread 读取压缩文件时测试行

Question

我正在编写一个函数来解析特定于软件的输出（bismark stranded_CpG_report）：

21      13      +       0       0       CG      CGA
21      14      -       0       0       CG      CGA
21      100     +       0       0       CG      CGT
21      101     -       0       1       CG      CGC
21      150     +       2       0       CG      CGG

因为这些文件很大，我需要过滤掉0第 4 列和第 5 列中的行。

现在我知道如何实现它的唯一方法是调用 shell 命令：

fread(cmd=paste("zcat -f ", "path/to/file.tsv" ," | awk '$4 || $5'"), stringsAsFactors=FALSE)

我有两个问题：

• fread除了调用 shell 命令之外，还有其他方法可以在读取时测试行吗？就像可以在 Unix 和 Windows 上运行的内置函数一样。
• 不调用awk命令zcat对压缩文件不起作用，有什么原因吗？cmd没有参数它工作得很好。

谢谢你的帮助

标签： rdata.tablebioinformaticsfread